22、基因分析应用：从蛋白质结构预测到癌症基因组研究

基因分析应用：从蛋白质结构预测到癌症基因组研究

1. AlphaFold的蛋白质结构预测与分析

AlphaFold是一种利用机器学习来预测新蛋白质结构的工具。在运行AlphaFold时，需要配置一系列参数，以下是相关参数配置代码：

-­-­obsolete_pdbs_path=$DATASET/pdb_mmcif/pdb_mmcif/obsolete.dat  \
-­-­bfd_database_path=$DATASET/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt  \
-­-­uniclust30_database_path=$DATASET/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08   \
-­-­pdb_seqres_database_path=$DATASET/pdb_seqres/pdb_seqres/pdb_seqres.txt \
-­-­uniprot_database_path=$DATASET/uniprot/uniprot/uniprot.fasta \
-­-­fasta_paths=$PROJDIR/input/myMultimerSequences.fasta   \
-­-­max_template_date=2020-­05-­14       \
-­-­model_preset=multimer              \
-­-­db_preset=full_dbs                 \
-­-­output_dir=$PROJDIR/output