使用GEOquery包下载原始数据

最新推荐文章于 2024-10-08 08:55:13 发布

KEY的生信笔记

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文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/m0_75172651/article/details/127958714

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本文介绍了如何使用R语言中的GEOquery包来下载和处理GEO原始数据，包括直接下载GSE和GPL文件，以及提取表达矩阵、注释信息和样本临床信息。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

系列文章目录

生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

文章目录

R包下载
使用GEOquery包下载原始数据
芯片数据读取
GEOquery 一步下载并读取数据
提取GEO表达矩阵
提取GEO注释信息
提取GEO芯片样本及临床信息

前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

一、使用GEOquery包下载原始数据

直接下载GSE文件

仅获取GSE下载链接

直接下载GPL数据

仅获取GPL下载链接

下载GPL注释表格

1 加载包 ----
library(GEOquery)

2 GSE数据，以GSE42872为例 ----
# https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE42872

2.1 直接下载文件到当前工作目录下 ----

getGEOSuppFiles("GSE42872", baseDir ="geo", makeDirectory = T)  # 新建一个文件夹
getGEOSuppFiles("GSE