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RSS订阅原创 DeepDRIM：使用单细胞 RNA-seq 数据重建细胞类型特异性基因调控网络的深度神经网络
基因调控网络（GRN）的重建对于理解协同基因效应和特定背景转录动力学的机制至关重要。但是之前忽略了细胞异质性。单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 提供了捕获细胞特异性基因表达的机会，从而可以更深入地了解细胞异质性和细胞类型特异性基因活动。但是大多数用于 GRN 重建的可用算法都是为批量基因表达而设计的，并通过解决两个计算挑战来发挥作用。在这种情况下，如果采用 scRNA-seq 数据，则会出现独特的困难。首先，假定的 TF 基因相互作用是通过检查它们的共表达而得出的。
2023-07-12 16:55:26
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原创 安装R包的方法
根据这个地址下载安装包，然后手动安装，如果安装不成功，看报错提示，如果是一些依赖没安装，把这些依赖安装上之后，再重新安装最开始的包就行了。从R—packages界面搜索安装 输入R包名称，检索，点击“Install”进行安装，待安装进度走完，会显示安装成功。对于一些比较难安装的包，或者报错的包我们可以选择手动安装,这里演示两个典型例子。利用devtools包中的“install_github()”函数进行安装。比如这个包，我们从错误给的地址手动下载安装包。上查询到的包，都可以直接进行安装。
2023-05-24 17:29:24
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原创 JSP学习心得
Java 服务器页面 (Java Server Page ，JSP)起源：（servlet的缺点—开发页面困难，代码不易维护）定义： JSP是Java Server Pages的缩写，是由 Sun公司倡导、许多公司参与，于1999年推出的一种动态网页技术标准。JSP是基于Java Servlet 以及整个Java体系的Web开发技术，利用这一技术可以建立安全、跨平台的先进动态网站。
2023-05-20 17:31:42
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原创 Error in eval(call(“@“, object, slot)) : “images“槽名不存在于“Seurat“类别对象中
Error in eval(call("@", object, slot)) : "images"槽名不存在于"Seurat"类别对象中
2023-04-25 16:23:45
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原创 Error in newCellDataSet(data.matrix(mat_to_cluster), phenoData = pd, featureData = fd, :
解决monocle包一个函数报错问题
2023-03-02 15:56:47
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原创 通过单细胞RNA-seq揭示TNBC中的亚克隆异质性和侵袭性疾病状态
三阴性乳腺癌(TNBC)是一种侵袭性亚型，具有广泛的肿瘤内异质性。为了研究潜在的生物学基础，我们对6个原代TNBC的>1500个细胞进行了单细胞RNA测序(scRNA-seq)。这项分析揭示了TNBC的功能异质性及其与基因组进化的关联，并揭示了决定这种疾病不良结局的意想不到的生物学原理。
2023-01-20 12:26:22
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图书馆管理系统（JSP+Servlet+JavaBean 实现）
2023-01-10
空空如也
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