R语言下载GEOquery包

最新推荐文章于 2024-10-08 08:55:13 发布
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#r语言 #开发语言

本文介绍了一种解决R语言中安装GEOquery包时出现的问题的方法。首先确认已安装BiocManager包，若未安装则进行安装。之后通过BiocManager包成功安装了GEOquery及其依赖包。

一开始我用的是R语言常用的下载方式

install.packages('GEOquery')

结果报错了。

然后，我在网上查找资料，看到这个视频

如何在R上下载GEOquery包_哔哩哔哩_bilibili

首先，确认有BiocManager包，没有的话就下载

if(!requireNamespace('BiocManager',quietly = TRUE))
+ install.packages('BiocManager')

然后，通过BiocManager包下载GEOquery

BiocManager::install('GEOquery')

 过程中还会下载许多其他的包，不要慌张啦~

使用R语言获取GEO表达数据
DarcyCode的博客
09-27 1491
在生物信息学研究中，GEO（Gene Expression Omnibus）是一个公共数据库，包含了大量的基因表达数据。通过使用R语言，我们可以方便地获取和分析这些数据，从而进行生物信息学研究。通过以上步骤，我们可以使用R语言轻松地获取GEO表达数据，并进行进一步的数据处理和分析。例如，我们可以对表达数据进行基本的统计分析，如计算基因的平均表达量、标准差等。除了基本的统计分析，我们还可以使用其他R包进行更高级的数据分析和可视化。现在，我们已经成功获取了GEO数据集的样本信息和表达数据。包进行数据可视化等。
GEOquery包下载GEO数据
qq_27390023的博客
09-13 4185
GEOquery包下在GEO数据 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") ## ??GEOquery # 查看包信息 downloadGSE <- function(gse_id,des_dir="."){ # 下载GEO数据集的表达谱数据和表型数据到指定目录默认为当前路径)， # 分别...
安装GEOqueryR包
m0_57935159的博客
10-08 1053
【代码】安装GEOqueryR包。
关于getGEO包的安装问题
weixin_42247553的博客
11-18 5510
GEOquery软件包安装
GEO生信数据挖掘（一）数据集下载和初步观察
zzh1464501547的博客
09-27 8866
GEOquery是一个在生物信息学中常用的R语言包，用于从NCBI Gene Expression Omnibus（GEO）数据库中获取和分析基因表达数据。以下是GEOquery包的简介：1. 数据获取：GEOquery包提供了方便的函数来从GEO数据库中获取基因表达数据。您可以使用`getGEO()`函数来下载和导入GEO数据集，包括微阵列和高通量测序数据。2. 数据处理：GEOquery包提供了一系列函数来处理GEO数据集。
用GEOquery从GEO数据库下载数据
weixin_46587777的博客
05-23 4341
用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法 只需要记住三个函数，以及每个函数返回
R安装GEOquery包代码
XDSXDSXDSX的博客
11-29 8456
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor") if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") 亲测有效，
RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和GEO数据下载
铭&婵旭博客
06-02 9556
一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径，是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘，所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘，于是按照下面操作更改package存放目录。 1.打开RStudio，在控制台输入.libPaths()，会显示如下结果，这是默认的package存放目录。 .libPaths() #[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0" #[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/librar
使用GEOquery包下载原始数据
m0_75172651的博客
11-21 1615
使用GEOquery包下载原始数据
使用GEOquery下载GEO数据
Joshua_HIT的博客
02-26 2万+
最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。首先假设我们想要下载的数据是GSE77445，这是一批DNA甲基化数据，我们可以在R语言中安装GEOquery
使用GEOquery 下载并读取数据
m0_75172651的博客
11-21 3777
使用GEOquery 下载并读取数据
R语言中GEOquery包
最新发布
06-25
参考引用：[^1]提到使用GEOquery包下载GEO数据并构建ExpressionSet数据结构，以及手动下载数据的替代方法。[^2]提供了一个简易教程，使用getGEO函数下载数据并获取表达矩阵和样本信息。[^3]说明了如何安装GEOquery包...
GEOquery 下载 GEO 数据
dxs18459111694的博客
11-16 1947
（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。
GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包
热门推荐
wuyameng的博客
04-03 2万+
GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包 GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型： GSE数据编号(Series) GPL数据编号(GEO platforms) GSM数据编号(Samples) GDS数据编号(Datasets) 一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或...
GEO基因芯片数据处理精华（一）：GEOquery包
wong2016的博客
12-21 1万+
合作研究请联系QQ 2279055353 GEO(Gene Expression Omnibus)是NCBI(美国国家生物信息中心)下的基因表达数据库，包括各种各样的基因芯片检测技术得到的试验记录与平台信息。GEO是最具知名度的基因表达数据存储数据库，这些数据包括单通道和双通道的微阵列实验，测量对象包括mRNA, 基因组cDNA, 蛋白质冗余物，以及各种非阵列技术，例如，高通量测序技术。现在，...
R语言获取GEO表达数据
一只电饭煲的博客
11-18 1万+
在磕盐中一开始获取GEO表达数据的方式主要是通过GEO数据库下载数据，并且还要下载平台信息，然后经过各种处理过程，比较麻烦。 后来一次无意中学习到了利用R语言快速获取表达矩阵数据，十分方便。 R语言代码如下： gse = getGEO("GSE53408",GSEMatrix = TRUE,destdir = ".",getGPL = T, AnnotGPL = T) //数据下载 exprs = exprs(gse[[1]])//表达量矩阵 fdata = fData(gse[[1]])//平台信息 ex
【GEOquery包学习】
weixin_59294557的博客
04-11 1180
上面两种的区别在于，第一种是一个GSE文件，包含list（包含一些附注）、另一个list（包含所有GSM文件）也就是说、一堆GPL。第二种是一个只有一个元素的list，元素是expressionSet（内含MIAME文件、AnnotatedDataFrame、Version），这些文件格式均来自biobase包。要注意，上面的2553恰好所有对象都是一个GPL，如果一个GSE有多个GPL要先过滤然后取出里面的表达矩阵、分组信息，自己创建一个ExpressionSets。1、GDS是GDS文件，
使用GEOquery下载GEO数据库数据超时问题
qq_45806146的博客
09-10 3401
利用GEOquery进行数据下载遇到的超时问题
GEO数据下载方法
weixin_56845253的博客
02-19 1万+
GEO数据下载方法
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