安装R包的所有方法

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生信分析第一步：R语言基础应用

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• R包下载与安装
• 使用GEOquery包下载原始数据
• 芯片数据读取
• GEOquery 下载并读取数据
• 提取GEO表达矩阵
• 提取GEO注释信息
• 提取GEO芯片样本及临床信息

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前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

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一、如何一步安装生信所有R包之补充方法

可用于本节方法安装未能成功安装的R包

方法一-安装CRAN来源的R包 
将括号内容替换为需要安装的R包名字, 如"BiocManager"
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
  install.packages("BiocManager", ask = F, update = F)
}

或者下列代码
install.packages("BiocManager")

方法二-安装Bioconductor来源的R包
首先确认 BiocManager 包是否已安装成功
library(BiocManager)

## 安装Bioconductor R包 
if (!requireNamespace("limma", quietly = TRUE)) {
  BiocManager::install("limma", ask = F, update = F)
}

或者下列代码
BiocManager::install("limma")



方法三-从下载的R包压缩文件安装
# 以limma包为例
# https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/limma.html


# Windows Binary
install.packages("packages/limma_3.42.2.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
library(limma)
# 
# Source Package
install.packages("packages/limma_3.42.2.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
library(limma)

方法四-从GitHub网站下载的已解压的源文件安装 ----
# 以sleuth为例
# https://github.com/pachterlab/sleuth

install.packages("packages/sleuth-master/", repos = NULL, type = "source")
library(sleuth)
sleuth::


以上的包安装方法能够解决绝大多数关于R包安装的问题
 遇到问题，可网上搜索解决办法