一指流年，一纸沙-优快云博客

原创 7. 生信技能树——TCGA癌症数据2

一. “生存分析前的数据整理”1.读入数据表达矩阵只需要tumor数据，不要normal，将其去掉，新表达矩阵数据命名为exprSet；临床信息需要进一步整理，成为生存分析需要的格式，新临床信息数据命名为meta。由于不同癌症的临床信息表格列名可能不同，这里的代码需要根据实际情况修改。rm(list=ls())proj = "TCGA-KIRC"load(paste0(proj,".Rdata"))library(stringr)2.整理表达矩阵不需要正常样本；使用logCPM或log

2022-04-16 11:19:57 5112 2

原创生信技能树——GEO芯片数据的合并

GSE83521和GSE89143数据合并1.下载数据rm(list = ls())library(GEOquery)library(stringr)gse = "GSE83521"eSet1 <- getGEO("GSE83521", destdir = '.', getGPL = F)eSet2 <- getGEO("GSE89143", destdir = '.',

2022-04-13 20:48:18 12711 10

原创 6. 生信技能树——TCGA癌症数据1

因为是癌症方面，自己不研究这一方面，所以不常用，但是GEO的转录组数据，是根据这个文件改写的0.安装包options("repos" = c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager",update = F,ask = F)options(BioC_mirror="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu

2022-04-13 16:30:06 3176

原创 5. 生信技能树——GEO转录组RNA_seq_GSE162550

和生信技能树GEO转录组“GSE150392“分析类似，唯一区别就是在数据处理和ID转换这一环节略微有区别1.数据下载最方便的是xena。可以网页下载，也可以用代码下载。proj = "DHA"2.生存信息与临床信息这里仅仅是查看一下，到生存信息部分再整理。library(GEOquery)eSet = getGEO("GSE162550",destdir = ".",getGPL = F)eSet = eSet[[1]]exp = exprs(eSet)pd = pData(eSet

2022-04-13 16:19:22 2941 2

转载多个基因对应一个探针

library(tidyverse)## ── Attaching packages ───────────────────────────── tidyverse 1.2.1 ──## ✔ ggplot2 3.1.0 ✔ purrr 0.2.5## ✔ tibble 1.4.2 ✔ dplyr 0.7.8## ✔ tidyr 0.8.2 ✔ stringr 1.3.1## ✔ readr 1.3.0 ✔ forcats 0.3.0## ── .

2022-04-04 11:51:30 1537

原创生信技能树R语言学习

一、数据类型和向量1. 数据类型1.1 判断数据类型class()1.2 按Tab键自动补全1.3 数据类型的判断和转换（1）is 族函数，判断，返回值为TRUE或FALSEis.numeric("123")is.character("a")is.logical(TRUE)（2）as族函数实现数据类型之间转换as.matrix() as.numeric()as.character()as.logical()2. 向量（1）有重复的用rep(),有规律的用seq(),随机数

2022-03-30 20:06:23 1788

原创 GEO分析

title: “R Notebook”output: html_notebook1 下载加载包cran_packages <- c('tidyr', 'tibble', 'dplyr', 'stringr', 'ggplot2', 'ggpubr', 'factoext.

2022-03-28 10:07:43 4969 1

原创 1. R语言中grep函数和gsub()函数的使用

1.grep 函数1）语法结构grep(pattern, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, value = FALSE, fixed = FALSE, useBytes = FALSE, invert = FALSE)各参数的含义如下：（1）pattern: 字符串类型，正则表达式，指定搜索模式，当将fixed参数设置为TRUE时，也可以是一个待搜索的字符串。（2）x : 字符串向量，用于被搜索的字符串。（3）ignore.case: 是否忽略大小写。为

2022-03-24 11:49:16 9522

weixin_48275332的博客