GEO基因芯片数据处理精华（一）：GEOquery包

Goodsta

于 2019-12-21 10:53:14 发布

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文章标签： r语言

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本文介绍了GEO基因芯片数据处理，重点讲解了如何使用R语言的GEOquery包来访问和下载GEO数据库中的数据。GEO数据包括Platforms、Samples、Series和Datasets四种组织形式。通过GEOquery包，用户可以方便地下载GDS、GPL和GSE等数据，并对数据结构进行了详细阐述。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

合作研究请联系QQ 2279055353

GEO(Gene Expression Omnibus)是NCBI(美国国家生物信息中心)下的基因表达数据库，包括各种各样的基因芯片检测技术得到的试验记录与平台信息。GEO是最具知名度的基因表达数据存储数据库，这些数据包括单通道和双通道的微阵列实验，测量对象包括mRNA, 基因组cDNA, 蛋白质冗余物，以及各种非阵列技术，例如，高通量测序技术。现在，我们介绍GEO数据库的检索、下载，以及数据的预处理方法。首先，我们介绍GEO数据集查询R语言包——GEOquery.

GEOquery包的下载与安装

GEOquery包位于生物信息开源软件库Bioconductor, 在Bioconductor主页的搜索栏输入GEOquery回车后，出现了下载项。
在这里插入图片描述

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按照安装提示在R控制台安装即可。

GEO数据组织结构

GEO上的数据通常有四种组织形式，它们分别是：

Platforms
Samples
Series
Datasets<

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