提取GEO表达矩阵

最新推荐文章于 2024-03-26 22:50:12 发布

KEY的生信笔记

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文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.youkuaiyun.com/m0_75172651/article/details/127959483

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本文介绍了如何通过R语言的GEOquery包下载和处理GEO数据，重点讲解了从原始数据中提取表达矩阵的步骤，以供后续生信分析使用。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

系列文章目录

生信分析第一步：R语言基础应用以及数据前处理

文章目录

R包下载
使用GEOquery包下载原始数据
芯片数据读取
GEOquery 下载并读取数据
提取GEO表达矩阵
提取GEO注释信息
提取GEO芯片样本及临床信息

前言

用最精简的代码展示生信分析的全部流程

一、提取GEO表达矩阵

得到eSet对象里包含着各种各样的信息：表达矩阵、芯片如何设计的、样本如何分组等等~
eSet是一个大列表，我们需要从中提取出表达矩阵，才能进行后续的操作。

###1.load packages ----
library(GEOquery)
library(readxl)
library(tidyverse)

###2 exprs from GEOquery ----
gse <- getGEO(filename = "geo/GSE5327_series_matrix.txt.gz", destdir = ".", getGPL = F )
expr <- exprs(gse)
head(expr)[, 1:6]

###3 expr from Series matrix file ----
expr1 <- read_tsv(file = "geo/GSE5327_series_matrix.txt.gz", comment = "!") #把前面有感叹号的行给去