ATAC-seq 上游分析（一）： 补充 bowtie2

对于同一物种的 CHIP-seq RNA-seq 等的bowtie2 比对，不需要每次都进行建立索引，建立一次就够了（因为博主发现每次建立index 是一个既浪费时间又蠢的行为...，差点干了个蠢事！ ）

bowtie2 -p 8 -X 2000 --very-sensitive -x genome/hg38_bt2/genome_index  \
-1 cleaned/sample1_R1_val_1.fq.gz -2 cleaned/sample1_R2_val_2.fq.gz \
-S 1.sam

只需要建立一次索引，并放在一个目录下。

-x 参数： 这里输入的不是索引目录，是索引前缀（绝对途径/相对途径 + 索引前缀名字）

比如 ，我的hg38 索引前缀是 genome_index  

我的-x 后面写的就是 路径 + genome_index (最后没有斜杠 ！ )