在KeyarchOS操作系统上安装运行Bowtie2(测序序列与参考序列比对)

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于 2023-11-10 17:18:06 首次发布

本文介绍了浪潮信息KOS服务器操作系统环境下的Bowtie2安装过程，包括操作系统要求、Python的安装、Bowtie2的下载与配置，以及如何构建参考基因组索引和进行单末端测序。

1 概述

浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息云峦服务器操作系统KeyarchOS_KOS服务器操作系统-浪潮信息

Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具，适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。Bowtie2使用FM索引（基于Burrows-Wheeler Transform 或 BWT）对基因组进行索引，以此来保持其占用较小内存。对于人类基因组来说，内存占用在3.2G左右。Bowtie2 支持间隔，局部和双端对齐模式。可以同时使用多个处理器来极大的提升比对速度。详细介绍见官网链接https://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml。