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RSS订阅原创 ATAC-seq数据分析流程
Outline0. ATAC-seq原理0.1 染色体结构0.2 原理0.3 结果0.4 意义1. ATAC-seq数据分析流程1.1 上游分析（1）序列质控和比对（2）序列筛选1.2 下游分析1.3 进阶分析0. ATAC-seq原理0.1 染色体结构0.2 原理0.3 结果0.4 意义1. ATAC-seq数据分析流程1.1 上游分析（1）序列质控和比对fastqctrim_golarebowtie2mapping时要加上参数 --very-sensitive -X 2000
2022-04-18 15:27:36
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原创 python module handbook
1.base1. dir(模块名)：查看该模块下有哪些函数2. 行列转置dataframe.unstack(0)：行列转置，并将行列名进行转换dataframe.stack()：行列转置，但只将列名转到行名下进行分类3.type():查看数据类型4. b = a.to_frame(name=‘n_genes_by_counts’)：数据类型转换将数据类型为series的a转换成数据类型为dataframe的b，并标明列名2.pandas1. pd.read_csv: 1) 读取
2022-01-24 11:29:05
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原创 python数据分析与可视化（北邮）
1.range()返回的结果不是列表？因为range()函数返回的是生成器对象生成器对象直接打印出不来内容，只会返回对象信息想要看生成器具体会产生什么，两个方法：用for循环遍历生成器，或者用list，tuple转换。对所有生成器都适用。...
2021-12-28 14:48:53
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原创 北邮——R语言数据分析
6.函数6.5 自定义函数基本使用> ce2fa <- function(ce){+ fa <- 1.8 * ce + 32+ return(fa)+ }> ce2fa(0)[1] 32> ce2fa(0:10) [1] 32.0 33.8 35.6 37.4 39.2 41.0 42.8 44.6 46.4 48.2 50.0> ce2fafunction(ce){ fa <- 1.8 * ce + 32 return(
2021-12-23 03:16:21
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原创 cellranger使用
cellrangercellranger -hcellranger cellranger-6.1.2Process 10x Genomics Gene Expression, Feature Barcode, and Immune Profiling dataUSAGE: cellranger <SUBCOMMAND>FLAGS: -h, --help Prints help information -V, --version Prin.
2021-12-19 07:56:27
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原创 正则表达式（边用边学边记）
1. 字符匹配不以某字段开头或结尾肯定式向前匹配——(?=str)否定式向前匹配——(?!str)肯定式向后匹配——(?<=str)否定式向后匹配——(?<!str)非捕获组——(?:str)正则表达——字符匹配不以某字段开头或结尾...
2021-12-06 16:50:15
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原创 Perl边用边学
#!usr/bin/perl下面的命令用perl程序执行，并指明路径cf: #!usr/bin/bash下面的命令用shell执行qw()函数qw(a b c)等同于（“a”,“b”,"c’）@ARGV的两种使用方式1.将参数放入数组中2.设置参数个数调节，进行报错（die)@ARGVopen函数与管道命令“|”用open函数也可像命令行一样,打开和使用管道.语法为:open(MYVAR, “mode”);mode有如下两种模式:“|command” ..
2021-11-13 18:53:35
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原创 《生物信息学》(樊龙江主编)——第14，15章读书笔记
第14章——生物信息学统计与算法基础大规模序列数据分析——高效算法（经典的机器学习算法，深度学习算法）基于生物序列的遗传推断——统计学方法（贝叶斯统计）1. 贝叶斯统计1.贝叶斯统计概述两大统计学派——频率学派、贝叶斯学派1.1 统计推断三种信息（1）总体信息（2）样本信息（3）先验信息1.2 贝叶斯学派与经典统计学派的区别贝叶斯统计重视先验信息收集，使其数量化，形成先验分布，经典统计则只利用总体信息和样本信息。 1.将未知数看作随机变量问题（即对某一未知数是某一情况的假设设
2021-11-06 15:53:15
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原创 FastQC 与 质控
1.FastQC的作用在建库过程或者在测序仪测序中存在的数据问题或者数据偏移问题，从而得到QC报告drop down selectorFastQC官方教程
2021-10-14 10:20:44
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原创 Linux 问题与解决方案
1. mobaXTerm 登录问题问题之前帐号设置后，输入密码，显示access denied原因帐号设置有误解决方案在设置一个新的sessions时，在Basic SSH settings栏中，依次需要设置，如下，例如：SSH usernames@10.1.1.1设置：1）Remote host：IP地址，即10.1.1.12）Specify usernames：usernames3）Port：默认值 22...
2021-10-13 13:34:36
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原创 Python每日学习日记
2021-8-22看了小甲鱼Python课程的P1-5，主要介绍了小甲鱼的论坛（有练习题和讨论），还有python的基本操作，如字符串，简单运算，目前感觉和R比较像，其中有一个要注意的是：>print("I"+"love")>Ilove #中间没有空格。2021-8-23python编辑1）命令行模式和python交互模式2) 文本编辑器—visual studio code3）Python代码运行助手—网页版print多个字符串时，中间的连接符“，”和“+”的区别
2021-08-24 13:43:10
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原创 基础生物知识
1.SNP2.CNV3.可变剪接（alternative splicing）4.Gene isoformsGene isoforms are mRNAs that are produced from the same locus but are different in their transcription start sites (TSSs), protein coding DNA sequences (CDSs) and/or untranslated regions (UTRs), pote
2021-08-21 16:48:29
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原创 2021-08-18
1.新格元——微流控芯片技术技术原理Single-Cell Omics Analyses Enabled by Microchip Technologies简书文献笔记
2021-08-18 11:14:02
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原创 single cell 数据分析流程及原理
1.PCA原理PCA原理讲解及举例方差解释性某个因子的方差解释性：该因子对于n个分析项所提取的信息量。
2021-08-17 14:47:52
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原创 Linux 知识点记录
1.转义字符""转义字符是一种以“\”开头的字符。例如退格符用’\b’表示，换行符用’\n’表示。转义字符中的’'表示它后面的字符已失去它原来的含义，转变成另外的特定含义。反斜杠与其后面的字符一起构成一个特定的字符。[](https://blog.youkuaiyun.com/c_award/article/details/75670437)...
2021-08-01 22:20:04
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原创 尚未解决的问题
1.赋值给函数后外面再加括号> (x1 <- x2 <- x3 <- rnorm(10))#这里加括号是啥意思？ [1] -0.7026747 1.3378089 -0.7428521 -0.9233402 1.7156075 1.0858700 -0.9757973 0.3029846 [9] -0.4465747 -0.76412852.file.path recursive=False...
2021-07-16 19:39:53
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原创 R error记录
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档R Error 记录前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考1.1 问题描述Error in file(file, "rt") : 无法打开链结2 原因分析网址在国外，没法链接且此外: Warning message: In file(file, "
2021-07-15 20:54:07
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原创 R 120题学习笔记
58.绘制双线折线图基本绘图函数绘图#1.确认所有的数据都是numeric> df$`开盘价(元)` <- as.numeric(df$`开盘价(元)`)> df$`收盘价(元)` <- as.numeric(df$`收盘价(元)`)#2.从数据框中提取并赋值需要进行绘图的数据列> a <- df$`开盘价(元)`> b <- df$`收盘价(元)`#3.新增一列来统一两列数据的y轴 1.先取两列数据的区间，设置公共区间 &g
2021-07-13 16:42:44
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原创 尚未解决的问题
练习题1. 41.将某一列设置为索引2. 42.生成一个和原来数据框长度一致的数据框3. 55.输出每列缺失值具体行数；跟着敲也有问题4. 67，68 上下两行差值函数，之前没学过基本绘制图形1.opar <- par(no.readonly = T)par(opar)？2. R基本绘图可以对某些图例或者数据进行修改吗？...
2021-07-13 16:41:59
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原创 小木亘随笔日记
2021.7.3今天在cos论坛看到了好多优秀的统计前辈的网站，于我而言，不过是无心的浏览，但着实被他们那种死磕到底的精神所感染。加油！早期的学习成本就是很高，有这么一段没有任务压制的学习时光对我来说是难能可贵的，像以前死磕数学题一样，去思考每一个知识死角，虽然回过头来发现不过是一个很简单的问题，但在这个过程中，因为我多问了几个why？得到的智识训练不是简单照搬代码所能拥有的。多想一定是有必要的，不要让自己的思维懒惰起来，享受这种进阶思考的快乐呀！...
2021-07-03 23:21:18
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原创 R 知识点记录
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言1.class()与mode()二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言遇到的新概念，新名词，归纳总结提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考1.class()与mode()函数作用class()mode()示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数据分析任务而创建的。二、使用步骤1.引入库代码如下（示例）：import numpy as
2021-06-20 11:55:50
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原创 R Warning记录
R Warning文章目录R Warning前言1.2.1.引入库2.读入数据总结前言记录R学习和操作过程中的warning，原因分析，解决方法。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考1.1.1问题：Warning message:In readLines(file, n = thisblock) : 读’data.csv’时最后一行未遂解决方法：在程序段或原文件中最后一行加一个回车2.1.引入库代码如下（示例）：import numpy as npimport
2021-06-20 00:33:37
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原创 R学习记录
系统变量和环境变量https://www.cfan.com.cn/2021/0106/134717.shtmlshow.signif.stars ??Boolean vector（布尔向量）布尔向量就是充满着逻辑值的逻辑向量。read.table 和 data.frame区别1）read.table——读取矩形表格2） data.frame——创建数据框函数levels？——因子中字符型变量所特有的还是？对象结构在形成数据框之后无法更改？length（）（1）length（） 用来返.
2021-06-12 10:26:38
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原创 Rstudio（4.0.5 ）安装Rtool40
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言 一、pandas是什么？ 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结前言提示：这里可以添加本文要记录的大概内容：例如：随着人工智能的不断发展，机器学习这门技术也越来越重要，很多人都开启了学习机器学习，本文就介绍了机器学习的基础内容。提示：以下是本篇文章正文内容，下面案例可供参考一、pandas是什么？示例：pandas 是基于NumPy 的一种工具，该工具是为了解决数..
2021-06-06 01:39:08
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