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RSS订阅原创 ATAC-seq 上游分析（一）： 补充 bowtie2
对于同一物种的 CHIP-seq RNA-seq 等的bowtie2 比对，不需要每次都进行建立索引，建立一次就够了（因为博主发现每次建立index 是一个既浪费时间又蠢的行为...，差点干了个蠢事！-x 参数： 这里输入的不是索引目录，是索引前缀（绝对途径/相对途径 + 索引前缀名字）我的-x 后面写的就是 路径 + genome_index (最后没有斜杠！比如 ，我的hg38 索引前缀是 genome_index。只需要建立一次索引，并放在一个目录下。
2025-03-17 10:16:53
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原创 ATAC-seq 分析（二） ： TSS富集分析热图
2.下面是形成矩阵文件，用 ComputeMatrix 计算全基因组范围内 peaks 在基因特征的分布情况。ensembl 官网下载gene annoation 基因注释文件 gff3 格式。下载下来是gff3.gz 格式 ，gunzip 解压；用awk 转变格式到bed。（这个命令 我把输入和输出文件写在后面就报错，不知道因为啥原因 ）numberOfProcessors 8 : 8 线程。1. bam 文件 转 bw 文件。gene_chr.bed 是来自。
2025-03-16 16:08:32
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原创 ATAC-seq : 上游分析流程（一）（学习笔记）
X 2000 参数： 设置双端测序数据的最大插入片段长度（即左右两端reads之间的最大间隔）是2000bp（参考自 2013年 ATAC nature methods ：Reads were aligned to hg19 using Bowtie with the parameters -X2000 and -m1）ATAC-seq关心的是在哪切断，断点才是peak的中心，所以使用shift模型，–shift -75或-100。ck_sorted.bam：输入的未过滤的 BAM 文件。
2025-03-05 18:35:55
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空空如也
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