12、宏基因组学分析：从方法到实践

宏基因组学分析：从方法到实践

1. 关键术语解释

在宏基因组学的研究中，有几个关键术语需要我们了解：
- 16S rRNA ：它是原核生物（古菌和细菌）核糖体30S小亚基的组成部分。由于该基因某些部分的进化速率较慢，适合用于遗传多样性研究。
- BIOM ：这是一种文件格式，旨在作为通过观察列联表表示生物样本的标准格式。更多信息可访问 www.biom - format.org 。
- 操作分类单元（OTU） ：是一组密切相关的生物体，它们具有相似的目标基因序列，通常相似度达到97%。
- 扩增子序列变体（ASV） ：单个DNA序列，比OTU具有更高的分辨率，至少携带一个核苷酸差异。

2. 宏基因组学研究方法

宏基因组学是对环境样本中总基因组DNA进行序列分析。其复杂的基因组信息有助于了解开放海洋、土壤甚至人类肠道中存在的微生物群落及其作用，但也给生物信息学家的分析和解释带来了挑战。宏基因组学研究主要有两种方法：
- 鸟枪法宏基因组学 ：研究主要存在于被测微生物群落中的随机DNA/基因序列。这种方法可以研究已知和未知微生物群的功能组成和生物多样性，还能提供微生物群落的生物多样性信息。
- 靶向宏基因组学 ：是一种更快、更便宜的获取微生物群落/分类学概况的方法。它通过使用基因特异性引