BLAST（基本局部比对工具）

最新推荐文章于 2025-11-13 11:50:10 发布
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#BLAST #局部比对

这篇博客详细介绍了如何运用BLAST工具对GenBank中的人类VANGL2基因mRNA序列进行局部比对搜索，包括设置如RefSeq检索号、任务名称、核酸数据库、选择简单的blastn程序及期望值等参数。
nucletide blast blastn 短序列标准搜索
megablast 相似序列（单物种）之间比对
discontiguous megablast 跨物种序列比对
protein blast blasp 标准搜索
psi-blast 使用blastp搜索结果构建位置特异性得分矩阵（PSSM）
phi-blast 发现具有相同表达模型且相似的蛋白质序列
blastx 核酸序列转换成蛋白质序列搜索
tblastn 蛋白质序列转换成核酸序列搜索
tblastx 核酸序列转换成蛋白质序列，在将核酸数据库转换成的蛋白质数据库中搜索

对GenBank中人类VANGL2基因的mRNA进行比对搜索。

输入：
RefSeq检索号NM_020335
Job Title：任

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2021.01.05【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第四章 局部比对搜索基本工具-BLAST 上）
01-05 3110
学习目标 学会在NCBI网站上进行BLAST搜索 理解BLAST各个参数的用途 理解BLAST搜索的三个步骤（整理，扫描/延伸，回溯）; 理解BLAST E值和分数的数学关系； 阐明BLAST搜索的策略 引言 基本局部比对搜索工具（BLAST）是NCBI的一个主要工具，可用来将一个蛋白质或者DNA序列与各种数据库中其他序列进行比对。 应用： 通过蛋白质/核酸序列，寻找一只的直系同源和旁系同源序列 通过特定物种，确定其存在的蛋白质和基因 确定一个DNA或蛋白质序列的身份 发
生信自学笔记（八）盲人摸象与BLAST 算法
羊城迷鹿的博客
08-07 4584
“看到BLAST算法，我一下子想起了盲人摸象这个小故事，只不过这一次，要讲一个新故事了，权且叫它‘新盲人摸象’吧。” 国王有一天突然想和当初玩摸象的盲人再玩个新游戏，就把一个自己最喜爱的盲人叫了过来。 国王对他说：“嘿，你还记得上次我告诉你们的象的全貌吗？” 盲人：“当然记得啦，它的牙齿像一个大萝卜，鼻子像一段长长的水管，耳朵像大蒲扇，四条腿像柱子，尾巴像条草绳，···” 国王：“好啦好...
高效代码比对工具使用与实战：Beyond Compare详解
最新发布
weixin_42601547的博客
11-13 966
回过头来看，Beyond Compare 的价值早已超出“比对文件”本身。它通过一套完整的机制——从缓存优化到语义感知，从 CLI 自动化到报告生成——帮助团队建立起标准化、可审计、低噪声的协作范式。当你能在 5 分钟内完成一次跨环境发布验证，当你能清晰追踪每一次配置变更的责任人，当你的 PR 审查不再被格式问题干扰……你会发现，提升的不仅是效率，更是整个团队的技术素养。所以啊，别再把它当成一个“辅助工具”了。它是现代软件工程不可或缺的基础设施之一，值得每一位工程师认真对待。💻✨。
blastall参数详解
hs6605015的博客
07-27 8858
用blastall进行序列比对 blastall是最常用的blast程序之一，一般使用的参数如：-p、-i、-d、-o、-e等几个。 -p: 执行的程序名称-d: 搜索的数据库名称-i : 要查询的序列文件名(Query File)-e:(数学)期望值(Expectation value)，E值是个统计阈值，缺省值10, 意指比对结果中由于随机偶然性产生的匹配结果不大于10,E值越小结果越可靠。-o :查询结果输出文件名-m: 比对结果显示格式选项，缺省值为0 ，即pairwise格式。另外还可以根..
python 比对匹配_用Python从头实现Needleman-Wunsch序列比对算法
weixin_39725365的博客
12-06 1433
本文将介绍生物信息学中一个基本的序列比对算法，Needleman-Wunsch比对算法(以下简称NW算法)，并展示如何编写一个简单的Python程序来实现该算法。全文分为上下两个部分：上篇介绍并阐释NW算法的原理，下篇展示如何用Python实现。如果你对该算法不陌生并且仅对实现方法感兴趣，那么可以直接跳到下篇。——————————————————— 上篇 ————————————————————序...
DNA序列局部比对（Smith–Waterman algorithm）
weixin_30241919的博客
11-30 1037
生物信息原理作业第三弹：DNA序列局部比对，利用Smith–Waterman算法，python3.6代码实现。 实例以及原理均来自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比对 转载请保留出处！ 1 import numpy as np 2 import pandas as pd ...
第二章 序列比对——Blast局部比对
wangprince2017
01-14 4561
第二章 序列比对——Blast局部比对 阅读量：330 主要为基因组测序比对相关知识，部分内容作笔记自查使用。如有错误或遗漏还请海涵，可评论或邮箱联系。最后修改时间：2020-04-16 16:18:55 星期四 Blast局部比对流程 一、Filtering 【目的】 防止由于低复杂度和重复片段存在，而产生大量有统计学意义，但无生物学实际意义的比对结果 低复杂度和重复片段： {\left( {CA} \right)_n}(CA)n​ KLKLKLKLKLKL 【方法..
精选资源
基因二代测序-分别对blast和bwa比对结果进行统计比较-20230506
12-15
本主题涉及了两种常用的比对工具——BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）和BWA（Burrows-Wheeler Aligner），并对其比对结果进行了统计比较。以下是对这两个工具的详细介绍以及如何进行统计分析。 **BLAST*...
36、局部比对工具的详细基准测试结果
dell8的博客
09-01 30
本文详细介绍了多个常见局部比对工具在不同查询集下的基准测试结果，包括运行时间、内存使用、比特分数和总命中数等关键指标。通过对比10MB和100MB查询集的性能差异，为不同场景下的工具选择提供了指导建议。无论是快速分析还是高准确性需求，亦或内存受限环境，都可以从中找到合适的工具选择策略。
33、Lambda：强大的局部比对搜索工具
dell8的博客
08-29 57
本文介绍了 Lambda3，一款强大的局部比对搜索工具，专为蛋白质空间搜索和大规模数据处理进行了优化。文章详细阐述了 Lambda3 的发展历程、实现原理、显著特性以及其在生物信息学中的应用场景。Lambda3 支持多种 BLAST 模式和输入输出格式，具有出色的易用性和性能优势，同时内置分类学功能，为序列分类、同源性分析和未来的亚硫酸氢盐测序数据分析提供了高效、准确的解决方案。
序列比对算法
Tybyqi的博客
12-11 1247
Li的对齐代码使用字符列表进行输入和输出。我写了一个简单的包装器来接受字符串和输出字符串。 来自 对齐 导入 Needleman，Hirschberg   def compare（str1，str2）： seq1 = list（str1） seq2 = list（str2） 对于 算法 在 [ 的Needl...
详解基于python的全局与局部序列比对的实现(DNA)
12-16
程序能实现什么 a.完成gap值的自定义输入以及两条需比对序列的输入 b.完成得分矩阵的计算及输出 c.输出序列比对结果 d.使用matplotlib对得分矩阵路径的绘制 一、实现步骤 1.用户输入步骤 a.输入自定义的gap值 b.输入需要比对的碱基序列1（A,T,C,G）换行表示输入完成 b.输入需要比对的碱基序列2（A,T,C,G）换行表示输入完成 输入（示例）： 2.代码实现步骤 1.获取到用户输入的gap，s以及t 2.调用构建得分矩阵函数，得到得分矩阵以及方向矩阵 3.将得到的得分矩阵及方向矩阵作为参数传到回溯函数中开始回溯得到路径，路径存储使用的是全局变量，存的仍然是方向而
双序列比对之重复匹配算法以及C++实现
weixin_43770577的博客
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双序列比对之重复匹配算法   在看此篇文章之前，建议先看一看我之前写的NW算法和SW算法（近期准备将这两篇文章在重新写一下，主要添加一些内容。）  重复匹配算法是迥异于之前介绍的全局比对和局部比对算法。如果我们将要比对的两个序列命名为序列1，它为AWGHEEBAWGRBZ,序列2为PEAWG。 全局比对之后的结果可能为   HE—AWGEBAWGRBZAWG   —PEAWG-----------...
Blast中文手册(6)
yin1331102028yin的博客
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BLAST+应用程序提供的功能按程序类型进行组织。下图描述了NCBI C Toolkit BLAST命令行应用程序与BLAST+应用程序之间的对应关系： 开始使用BLAST+命令行应用程序的最简单方法是使用 legacy_blast.pl PERL脚本，它与BLAST+应用程序捆绑在一起。要使用此脚本，只需将其添加到C toolkit BLAST命令行应用程序的调用之前，并附加指向BLAST+应用程序安装目录的–path选项。 legacy_blast.plPERL脚本的目的是帮助用户从C Toolkit
refseq
张文倩(数据库学生)
10-10 4467
BLAST原理和用法总结（一）
withbeginner的博客
04-12 1万+
linux生物信息技术课程笔记
blast的-max_target_seqs？
GeekFocus
04-25 1489
之前大部分人都将这个参数的值设置为1，认为会输出最优匹配的一条，但是作者验证后发现，这是一个错误的用法，它输出的并不是最优匹配的一条结果，而是第一条较好的匹配结果；对于相同的比对任务，使用不同版本的数据库时，即使所有版本都包含相同的最佳匹配结果，但是BLAST却返回不同的结果。该“bug”就是：-max_target_seqs参数返回的不过是前N个符合给定的E值的hit，而并不一定保证就是E值最低的N个hits。测试发现，blast没有哪个参数可以返回最优匹配的结果，最好的方式就是通过脚本过滤筛选！
1.序列比较算法（全局序列比对及局部序列比对的python实现）
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bibibibiboi的博客
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1.序列比较算法（全局序列比对及局部序列比对的python实现）前言算法思想介绍实现功能及实现方法运行结果演示源代码遇到的问题及总结 前言 阶段性的完成了序列比较算法，还有很多不足和需要完善的地方有待日后改进。 算法思想介绍 一个很详细完整的算法介绍 双序列全局比对及算法 Needleman-Wunsch 算法：动态规划法 输入值：两条序列、替换记分矩阵以确定不同字母间的相似度得分，以及空位罚分 双序列局部比对算法 局部比对的计算公式在全局比对的基础上增加了第四个元素“0”。得分矩阵初始值仍是0，但第一行
BLAST+中blastn参数详解
dowhathowtodo
05-22 1万+
【转】BLAST+中blastn参数详解 2012-05-22 13:25 转载自lidaof 最终编辑lidaof 与之前的blast相比，新的blast+将blastn,blastx等合作与blastall命令分隔开来，对各个命令的参数定制更加方便 个人在使用blastn的过程中总结了一些自认为常用的参数，总结如下： blastn -db database_name -query in...
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