比对软件|Samtools

Samtools 是一组实用程序，用于操作 SAM（序列比对/映射）、BAM 和 CRAM 格式的比对。它在格式之间进行转换，进行排序、合并和索引，并且可以快速检索任何区域中的读取。被广泛应用在分析流程中。接下来小编就为大家介绍一下Samtools吧！

安装方法

方法一：
下载安装包一步步安装，链接地址为：https://github.com/samtools/samtools/releases/(在此就不做演示)
方法二：
使用conda(建议使用这种方法，简单方便)

conda install samtools

安装成功后，在终端输入samtools,出现如下界面后，表示安装成功.

SAM文件和BAM文件

1.SAM(Sequence Alignment/Map)格式是一种通用的比对格式，用来存储reads到参考序列的比对信息。SAM是一种序列比对格式标准，由sanger制定，是以TAB为分割符的文本格式。主要应用于测序序列mapping到基因组上的结果表示，当然也可以表示任意的多重比对结果。SAM分为两部分，注释信息（header section）和比对结果部分（alignment section）。
2.BAM是SAM的二进制文件，bam文件优点：bam文件为二进制文件，占用的磁盘空间比sam文本文件小；利用bam二进制文件的运算速度快。
对比如下:

查看bam文件头部：

samtools view -h test.bam | head

HD：VN表示版本，SO表示排序方式。
SQ：SN表示参考序列的名称，LN表示参考序列的长度
PG：比对时使用的工具指令。（这里小编用的是hiast2）

常用命令

1.View
view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作 是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。view命令中，对sam文件头部的输入(-t或-T）和输出(-h)是单独的一些参数来控制的。将sam文件转为bam文件（没有header的sam文件不能转换成bam文件)
基本使用方法：

samtools view -S test.sam -b > test.bam