(How to) Call somatic mutations using GATK4 Mutect2_how to call somatic mutation mutect2-优快云博客

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本文详细介绍了如何利用GATK4 Mutect2进行体细胞突变鉴定，包括原始数据检查、数据修剪、数据预处理、PON构建、污染计算、肿瘤-正常模式下的新过滤策略等关键步骤，旨在提高变异检测的准确性和可靠性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Rawdata

对rawdata的fastq进行fastqc检查，决定是否cut某些位置，对所有数据进行了cut前10bp的操作

Data trimming

所有fastp参数详解 fastp-parameters

fastp --thread=16 -q 20 -l 50 -f 10 -F 10 -i tumor_R1.fastq.gz -o 
tumor_R1_clean.fastq -I tumor_R2.fastq.gz -O tumor_R2_clean.fastq

-l参数对长度低于50的reads进行过滤
-h -j可改变质控结果文件名

质量过滤
-q, --qualified_quality_phred碱基质量值不小于多少时为合格碱基，默认碱基质量值15，默认碱基质量>=15是合格碱基；
-u, --unqualified_percent_limit允许不合格碱基的占比为多少时去掉这条read,默认不合格碱基占比>40%时，去掉该read；
整体切除
-f -F对R1和R1分别cut开端多少bp
-t -T对R1和R1分别cut尾部多少bp

Prepipline 数据预处理 bwa-bqsr

bwa mem -t 24 -R "@RG\tID:tumor\tSM:tumor\tLB:WES\tPL:Illumina" /data2/references/Homo_sapiens/hg38.genomic.fa /data1/01.projects/USER006/cleandata/tumor_R1_clean.fastq 
/data1/01.projects/USER006/cleandata/tumor_R2_clean.fastq > /data1/01.projects/USER006/mapping/tumor.sam

SortSam

samtools view -bS tumor.sam > tumore.bam

samtools sort -@ 5 tumor.bam -o tumor.sorted.bam

samtools index tumor.sorted.bam