mutect2报错：More than two reads with the same name found

今天跑mutect2出现报错：More than two reads with the same name found.  Using two reads randomly to combine as a fragment.找到两个以上具有相同名称的读取。使用两次随机读取组合为片段

这个报错的意思是在bam文件中有相同名称的reads

怀疑代码写错，把两个输入文件写成一样了，查看muect2脚本：

果然大意了，写了两个DOX4A

最后顺便分享下mutect2

gatk Mutect2 -R $genome -I $RNA_bam_list \
    -I $DNA_bam \
    -normal $normal \
    -O $prefix.temp.vcf