mutect2报错：More than two reads with the same name found

最新推荐文章于 2024-08-22 09:35:25 发布

原创最新推荐文章于 2024-08-22 09:35:25 发布 · 505 阅读

8 ·

CC 4.0 BY-SA版权

文章标签：

#数据分析 #ssh

本文讲述了在使用Mutect2进行分析时遇到的错误，原因是输入文件中存在多个同名reads。作者发现是由于不小心将两个文件写入了相同的名称。通过检查脚本，最终确认问题并分享了解决方法，即指定正确的输入参数，如gatkMutect2-R$genome-I$RNA_bam_list-I$DNA_bam-normal$normal-O$prefix.temp.vcf。

今天跑mutect2出现报错：More than two reads with the same name found. Using two reads randomly to combine as a fragment.找到两个以上具有相同名称的读取。使用两次随机读取组合为片段

这个报错的意思是在bam文件中有相同名称的reads

怀疑代码写错，把两个输入文件写成一样了，查看muect2脚本：

果然大意了，写了两个DOX4A

最后顺便分享下mutect2

gatk Mutect2 -R $genome -I $RNA_bam_list \
    -I $DNA_bam \
    -normal $normal \
    -O $prefix.temp.vcf

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

起个啥名捏

关注关注

9
点赞
踩
8

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
分享

复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫
举报

举报

Mac 安装 ClickHouse 报错： Mac 10.15.4: Cannot find objcopy

AI天才研究院

06-18

1万+

Solution run the command below: $ brew install binutils Updating Homebrew... ==> Auto-updated Homebrew! Updated 1 tap (homebrew/cask). ==> Updated Casks Updated 2 casks. ==> Downloading http...

什么是In-Memory计算？ Mastering In Memory Computing:A Comprehensive Guide

AI天才研究院

07-20

3357

作者：禅与计算机程序设计艺术什么是In-Memory计算？ In-memory computing refers to the process of executing computational tasks by storing input and output data i

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

GATK4 Mutect2和HaplotypeCaller的不同

tangerine1222的博客

04-11

1843

也就是说，如果病例中的一个变异点在匹配的对照组或人群资源中也是变异点，如dbSNP，即使变异的等位基因与对照组或资源不同，也会从体细胞调用中扣除。该工具不考虑与正常人小组或与匹配的正常对照的明确的变异部位共享的变异部位。根据与上述类似的逻辑，并假设常见的变异位点是双联的，任何在病例样本中出现多个变异等位基因的位点都是可疑的。其中，不在生殖系资源中的等位基因的频率（--af-of-alleles-not-in-resource）在生殖系变体先验中定义，Mutect2在计算变体是生殖系的可能性时使用。

GATK / 体细胞短变异检测工具Mutect2的使用

悟道西方

06-24

8992

前文回顾1. GATK官方教程 / 概述及工作前的布置2. GATK教程 / 体细胞短变异检测 (SNV+InDel)流程概览3. GATK教程 / 变异检测前的数据预处理(如何)使用GATK4 Mutect2调用体细胞突变(How to) Call somatic mutations using GATK4 Mutect2·本教程适用于Mutect2版本4.1.1....

GATK Mutect2类介绍

qq_27390023的博客

08-22

1144

GATK 的是一个用于检测体细胞变异（somatic mutations）的工具，主要用于癌症研究。体细胞变异是指在个体发育过程中体细胞中发生的 DNA 变化，这些变异不遗传给下一代，但在癌症发展过程中起到重要作用。Mutect2 是 GATK 工具集的一部分，专门设计用于识别这些变异。

Mutect2案例 / 有或没有正常样本配对的肿瘤体细胞变异检测结果对比

悟道西方

06-26

5518

前文回顾1. GATK官方教程 / 概述及工作前的布置2. GATK教程 / 体细胞短变异检测 (SNV+InDel)流程概览3. GATK教程 / 变异检测前的数据预处理4. GATK / 体细胞短变异检测工具Mutect2的使用Mutect2 -有或没有正常样本配对时，肿瘤体细胞变异检测结果对比Mutect2 - somatic variant calling wi...

GATK Mutect2Engine类介绍

qq_27390023的博客

08-20

531

是Mutect2的核心组成部分，负责执行体细胞突变的检测任务。它通过处理肿瘤和正常样本的读取数据，生成候选突变位点，并应用一系列统计模型和过滤机制来确认和优化检测结果。其设计和实现使得Mutect2能够在复杂的基因组背景下进行精准、可靠的突变检测。

The paper ranked ballots were digitised, but they were simply entered into a csv file at the same time as the voting machines were writing to it. As a result, all of the ranked and positional rows are mixed up. Your first task is to separate these into two lists. Write a function read_ballots(filename) You need to write a function that returns two lists, one containing the ranked ballots, and one containing the positional ballots. Arguments: filename: the name of a csv file containing the ballot data. This file consists of ranked and positional rows intermixed at random. Definitions for ranked and positional ballots are found in the background slide. Returns: A tuple where: the first item is a list of all the ranked ballots in the specified csv file (lists of ints) the second item is a list of all the positional ballots in the specified csv file (lists of strings). Details: You are expected to preserve the ordering of the ballots from the original csv file. That is, the first ranked ballot (regardless of which row it is in the file) should be at index 0 of the first item in the tuple, the second should be at index 1, etc. Similarly for positional ballots. In this task you are not expected to check if they are valid ballots (that will be task 2), instead you should classify them according to the data types of the list. Other than converting ranked ballots to integers, you should not modify the contents of the ballots in any way. If the file cannot be found, your program should instead print "File not found." and return None .

热门推荐

fulinux的博客

06-02

1万+

Linux设备驱动篇之I2c设备驱动 fulinux 一、I2C驱动体系虽然I2C硬件体系结构和协议都很容易理解，但是LinuxI2C驱动体系结构却有相当的复杂度，它主要由3部分组成，即I2C设备驱动、I2C总线驱动和I2C核心。 1．I2C核心 I2C核心是I2c总线和I2c设备驱动的中间枢纽，它以通用的、与平台无关的接口实现了I2C中设备与适配器的沟通，提供了I2C总线驱动和设

强大的socat工具，可创建虚拟串口、在串口/网口间转发数据等，基本上无所不能的工具

哦，原来你也在这里。

01-20

2059

socat，一个强大的工具，串口工具

执行shell脚本报syntax error: unexpected end of file错误

plgy_Y的博客

11-06

1371

原因: 我的脚本是在windows上创建并编辑的。 windows下的换行是\r\n 而linux下的换行只是\n 解决办法：显示换行符将\r\n替换为\n (这里我使用的是Notapad++的替换，快捷键为Ctrl + H) ...

利用GATK4.1 mutect2寻找体细胞突变（SNV和INDEL）

viancheng的博客

05-25

9770

今天梳理一下最最最最（最X100）常用的mutect2体细胞变异分析流程。主要用来分析肿瘤配对样本，寻找体细胞突变比如SNV和INDEL。官网上已经有了详细的英文版教程。软件版本：GATK4.1.1.0 官网教程：https://gatk.broadinstitute.org/hc/en-us/articles/360035894731-Somatic-short-variant-discovery-SNVs-Indels- 看下分析的流程图，然后我们从bam文件出发分步讲解：现..

实验记录 | mutect的安装与运行

weixin_40640700的博客

06-29

2910

参考链接：https://github.com/broadinstitute/mutect http://gatkforums.broadinstitute.org/categories/mutect

二代测序之SNV检测总结笔记

weixin_46839673的博客

04-25

5195

二代测序之SNV检测总结笔记文章目录二代测序之SNV检测总结笔记Short variant calling的流程：测序常见错误：Germline：HaplotypeCaller （单倍体） in GATK过滤候选的Variant信息筛选流程：Somatic Calling Workflow（Mutect2）参考资料： Short variant calling的流程：比对好的肿瘤样本的Reads和参考基因组做比对获得全部的在肿瘤中发现的突变mutations，比对好的正常样本的Reads和参考基因组做

【无标题】gatk FilterMutectCalls输出结果为空，报错Error: the last column in header row should start with ‘Otherinf

weixin_54434521的博客

06-04

799

cat p430P_mutect2.vcf -n |head -n 118280 | tail -n +118270#发现第118278行不是chr开头的，删除掉这一行。解决办法：再运行一次，看看到底是哪一行，gatk FilterMutectCalls输出结果中有指示哪一行，但需要非常仔细看才看得出来，如下图的121473这一行。解决办法：在mutect2得到的vcf文件找到这一行附近发几行，看看到底是哪一行的的列数和其他的不一样，删除该行重新跑即可。缺点：需要对每一个样本都进行这样的测试。

windows ubuntu子系统，4.HaplotypeCaller和Mutect2总结

weixin_69558614的博客

05-06

1865

指定tranches文件和校正文件分别为"𝑖𝑑.𝑊𝐸𝑆.𝑠𝑛𝑝.𝑡𝑟𝑎𝑛𝑐ℎ𝑒𝑠"和"id.WES.snp.tranches"和"{id}.WES.snp.recal.vcf" (--tranches-file和--recal-file参数)它用于对VCF文件进行校正和过滤，以提高SNP的质量和可信度。ATK的HaplotypeCaller命令对一个名为sample.txt的文件中的每个样本进行变异检测。> output.ann.vcf：将注释后的结果重定向到名为output.ann.vcf的输出文件中。

gdi 中发生一般性错误_Bowtie2比对过程中发生的一个小错误

weixin_29002961的博客

12-28

1542

今天是生信星球陪你的第629天大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~ 就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~ 这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！豆豆写于2020.5.21记录一下踩的坑上报错手上有一些ATAC-seq的双端测序数据(25bp)进行了fastp质控过滤后准备进行比对，结果比对过程...

(How to) Call somatic mutations using GATK4 Mutect2

GeekFocus

02-12

767

New Filtering Strategy in FilterMutectCalls FilterMutectCalls now filters based on a single quantity, the probability that a variant is a somatic mutation. F score,灵敏度和精密度的调和平均值。 -f-score-beta默认值为1，侧...

实验记录 | Mutect的安装

weixin_40640700的博客

05-07

1255

参考链接：https://github.com/broadinstitute/mutect 安装Mutect之前，需要先安装java 1.7以及Maven 3.0+。 1。环境配置首先检验一下系统中的java版本。 java -version java version “1.8.0_181” 下面，开始检索安装Maven。安装参考链接：https://blog.youkuaiyun.com/qq_29695701/article/details/90705181 从官网下载Maven,下载地址：https:/

我的代码： bowtie2 -x /public/home/xiaoshunpeng/hg38/hg38 \ -1 /public/home/xiaoshunpeng/chip_fastqc/P-T-M-K16-1_report/fastqc/trimmed/P-T-M-K16-1_unpaired_1.fq.gz \ -2 /public/home/xiaoshunpeng/chip_fastqc/P-T-M-K16-1_report/fastqc/trimmed/P-T-M-K16-1_unpaired_2.fq.gz \ -S /public/home/xiaoshunpeng/chip_bowtie2/P-T-M-K16-1/unpaired_aligned.sam报错：Error, fewer reads in file specified with -2 than in file specified with -1 terminate called after throwing an instance of 'int' (ERR): bowtie2-align died with signal 6 (ABRT) (core dumped)

07-26

我们遇到了一个bowtie2报错：Error, fewer reads in file specified with -2 than in file specified with -1 这个错误表明，在提供的两个fastq文件中（-1指定的文件和-2指定的文件），-1文件中的reads数量比-2文件...