13、碳水化合物在分子与细胞层面的相互作用研究

碳水化合物在分子与细胞层面的相互作用研究

蛋白质 - 碳水化合物相互作用

在研究蛋白质 - 碳水化合物相互作用（PCIs）时，我们利用含有碳水化合物的蛋白质 X 射线晶体结构作为信息来源。具体操作如下：
1. 数据集生成 ：
- 使用 GlyVicinity 工具（于 2013 年 11 月 6 日访问），设置参数以识别 PDB 中分辨率 ≤2.5 Å 的所有 X 射线晶体结构里，配体和聚糖中的碳水化合物，以及与任何碳水化合物原子距离在 4 Å 内的所有氨基酸。将输出保存并以 HTML 格式处理。
- 对于初始研究，使用 PISCES 处理数据集中蛋白质结构的冗余问题。创建一个包含 GlyVicinity 输出中所有含碳水化合物的 PDB 晶体结构的列表，将其提交到 PISCES 服务器，设置最大相互序列同一性为 40%，按链筛选，其他参数设为默认值。仅考虑筛选列表中 PDB 条目的碳水化合物。
- 对于最终研究，为每个感兴趣的单糖残基所在的 PDB 条目分别创建列表，然后使用 CD - HIT 进行冗余筛选，最大相互序列同一性为 95%。仅使用 CD - HIT 输出中每个相似结构簇的第一个 PDB 条目的残基进行后续分析。
- 为 GlyVicinity 输出中所有可能的单糖生成单独的工作文件，包含以 PDB 格式表示的碳水化合物和近端氨基酸的坐标。将 GlyVicinity 数据按 PDB 条目和其中的寡糖链分开，通过将 GlyVicinity 中的残基标签与从 PDB 获得的坐标文件中的坐标交叉引用，为每个单糖的碳水化合物和氨基酸坐标生成单独的文件。

通过对碳水化合物结合位点中氨基酸分布的分析，我们发现：