拟时序分析
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几种经典拟时序分析方法
DerekRusso
Clean code and artistic research.
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【cellrank】3-全流程总结
cellrank使用的最终总结原创 2022-11-27 11:57:56 · 1564 阅读 · 0 评论 -
【Cellrank】1-cellrank without RNA velocity
基于转录组成熟mRNA的算法，以monocle2为代表，其结果被相当广泛的误读了。出现在一头一尾不代表必然从root分化到branch，而且目前来看monocle支持的lineage structure相对少，推断结构也不具有方向性。目前来看以cellrank为代表的RNAvelocity方法有其进步性。除了 complete pipeline from bam file，cell rank 也可接受pseudotime、相似性等矩阵作为input，减轻了步骤计算压力。官方教程https://cel原创 2022-11-23 15:00:56 · 515 阅读 · 0 评论 -
【cellrank】2-cell rank with RNA velocity
cellrank全流程原创 2022-11-26 22:34:15 · 466 阅读 · 0 评论 -
【STREAM】在线网站拟时序分析
在线网站拟时许，同时可以分析diverging genes。stream plot比较新颖原创 2022-08-26 17:35:13 · 679 阅读 · 0 评论 -
【CytoTRACE】trajectory reconstruction analysis
cytoTRACE可对细胞分化状态作出定量预测并排序原创 2022-04-25 18:51:22 · 1698 阅读 · 0 评论 -
【slingshot and tradeSeq】differential analysis between different lineages
tradeSeq包是slingshot团队开发的拟时序下游分析功能包，主要是lineage间与lineage内的差异分析。原创 2022-04-22 10:21:14 · 1082 阅读 · 0 评论 -
【slingshot】trajectory inference
slingshot拟时序分析原创 2022-04-18 18:29:59 · 836 阅读 · 0 评论