【cellrank】2-cell rank with RNA velocity

最新推荐文章于 2026-01-05 10:52:35 发布
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该博客包含两部分教程，分别是官方的CellRank基础知识介绍和基于Seurat的实操性强的scVelo RNA速度分析。作者Sam Morabito详细讲解了如何运用这些工具进行单细胞转录组数据分析，涵盖了理论和实际操作的结合。
计算R velocity的方法和流程（CellRank2）
jl19930703的博客
07-28 1115
cellranger-count & velocyto & cellrank2
单细胞 | RNA速率 · scVelo
生信练习生
02-16 2706
1.准备数据：从seurat对象中提取metadata（R中运行）2.运行RNA速率并可视化。
【Cellrank】1-cellrank without RNA velocity
DerekRusso的博客
11-23 634
基于转录组成熟mRNA的算法，以monocle2为代表，其结果被相当广泛的误读了。出现在一头一尾不代表必然从root分化到branch，而且目前来看monocle支持的lineage structure相对少，推断结构也不具有方向性。 目前来看以cellrank为代表的RNAvelocity方法有其进步性。除了 complete pipeline from bam file，cell rank 也可接受pseudotime、相似性等矩阵作为input，减轻了步骤计算压力。 官方教程https://cel
CellRank 2：统一的多视图单细胞数据分析框架
gitblog_00492的博客
09-09 1305
CellRank 2：统一的多视图单细胞数据分析框架 项目介绍 CellRank 2 是一个基于马尔科夫状态模型的模块化框架，旨在研究多视图单细胞数据中的细胞动态。它能够估计细胞分化方向，利用多种生物学先验（包括RNA速度、伪时、发育潜能、实验时间点等）来分析。此工具适合大规模细胞数据的处理，并且无缝集成scverse生态系统，提供易用的API接口。通过pyGPCCA包作为其技术核心，CellRa...
10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）
weixin_53637133的博客
05-04 1811
10X单细胞（10X空间转录组）基于马尔可夫过程和RNA速率的细胞命运预测（Cellrank）
CellRank 2：多视角单细胞数据中的统一命运映射
gitblog_00209的博客
09-09 946
CellRank 2：多视角单细胞数据中的统一命运映射 项目介绍 CellRank 2 是一个模块化的框架，旨在通过马尔可夫状态建模来研究多视角单细胞数据的细胞动力学。该工具能够处理大规模的细胞数据，并且与 scverse 生态系统完全兼容，使用起来非常简便。CellRank 2 的核心功能包括估计细胞分化方向、计算初始、终端和中间宏观状态、推断命运概率和驱动基因，以及可视化和聚类基因表达趋势等。...
单细胞上游分析/cellranger流程学习(三）
zfyyzhys的博客
04-30 1580
Cellranger分析结果学习
单细胞RNA测序数据分析与可视化：从基础原理到高级应用
2301_80338712的博客
05-11 3295
单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术通过解析单个细胞的基因表达谱，显著提升了我们对细胞异质性的理解。本文详细介绍了scRNA-seq数据分析的完整流程，包括数据预处理、质量控制、降维、聚类、差异表达分析、细胞类型注释、细胞周期分析、轨迹分析、RNA速率分析、基因集富集分析、细胞通讯分析、批次效应校正以及空间转录组学整合。文章还展示了scrna_toolkit包在简化分析流程和增强数据可视化方面的应用。通过这一工具，研究者可以更高效地处理单细胞数据，揭示复杂的生物学信息。未来，该工具将进一步整合多组学分
利用python进行scrna-seq
12-28
### 单细胞RNA测序数据分析的Python实现 #### 数据预处理 为了有效处理和分析单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据，在Python中通常会使用`scanpy`库，这是一个专门用于单细胞基因表达数据分析的强大工具。下面是一个典型...
单细胞分析（18）——scanpy相关模块
阅读文献，记录学习笔记
02-25 1621
scanpy是单细胞分析中python端重要的分析工具，这份笔记记录一下scanpy有关的模块，深入理解这个库的结构，能够更好的个性化、正确分析个人数据。这样可以更快地掌握 Scanpy 的全部功能。
【cellrank】3-全流程总结
DerekRusso的博客
11-27 1900
cellrank使用的最终总结
【亲测免费】 CellRank 2 指南：探索多视图单细胞数据分析的统一命运映射框架
gitblog_00998的博客
09-09 581
CellRank 2 指南：探索多视图单细胞数据分析的统一命运映射框架 1. 目录结构及介绍 开源项目 CellRank 的目录结构设计是为了便于开发者和用户理解和扩展。以下是其主要组成部分概述： ├── cellrank # 核心包，包含算法实现 │ ├── kernels # 不同类型的内核，如VelocityKernel, ConnectivityKerne...
课前准备-单细胞新版velocity（cellrank 2）
weixin_53637133的博客
06-17 1764
课前准备-单细胞新版velocity（cellrank 2）
Ranger部署
别人笑我太疯癫，我笑他人看不穿。
01-01 988
本文分享了Apache Ranger 2.6.0源码编译部署经验，重点解决以下问题：1) 编译环境准备，包括Maven 3.9.9、Python版本冲突、MySQL5等依赖；2) Maven配置优化，推荐使用阿里云镜像并调整JVM参数；3) 源码编译过程中的常见错误处理，如依赖包缺失、POM排序问题、多线程编译锁冲突等；4) 提供编译完成的资源下载链接。作者耗时约9小时完成完整编译，建议选择性编译所需模块，并针对Hadoop3.2.3+Hive3.1.3环境使用Ranger 2.6.0版本。
ResponseBodyEmitter 实时异步流式推送
最新发布
weixin_46136610的博客
01-05 126
高效传输：减少无效请求实时性好：数据变更立即推送实现简单：基于HTTP协议内存友好：流式处理大数据记住，ResponseBodyEmitter适合单向服务器推送的场景，对于需要双向通信的场景，还是需要WebSocket。但对大多数实时数据推送需求，ResponseBodyEmitter绝对是更优的选择！
Apache Commons Lang 中 Pair 类的使用教程
彦楠的博客
12-30 169
本文介绍了在Maven项目中使用Apache Commons Lang库的Pair类的方法。首先需要在pom.xml中添加commons-lang3依赖，然后可以通过Pair.of()方法创建键值对对象。示例代码演示了如何创建Pair对象、获取左右值、打印Pair对象，以及如何将多个Pair对象存入List并进行排序操作。Pair类提供了一种简单的方式来存储和处理成对的数据，适用于需要临时存储两个相关值的场景。
YOLO13-C3k2-RFCBAMConv：基于改进卷积的显卡型号识别与分类技术详解
qunaa0101的博客
12-30 873
本文提出了一种改进的YOLO13-C3k2-RFCBAMConv模型用于显卡型号识别。该模型在YOLOv3基础上引入C3k2模块扩大感受野，结合RFCBAMConv注意力机制增强特征提取，并改进FPN结构实现多尺度特征融合。实验表明，该模型在测试集上达到92.3%的mAP，比YOLOv5提升5.7个百分点。创新点包括自适应NMS策略、分层分类方法以及针对显卡形状优化的卷积结构，有效提升了小样本和相似型号的识别准确率。
R制作研究报告
weixin_43724176的博客
01-02 848
本文介绍了使用R语言进行研究报告制作的方法，重点阐述了"文学式编程"理念及其在统计分析中的应用。通过R的knitr、rmarkdown和bookdown等扩展包，可以实现将计算程序与报告内容结合在单一源文件中，自动生成包含计算结果、图表的研究报告。文章详细比较了Markdown和LaTeX两种格式的特点及应用场景，并提供了Markdown语法规范，包括段落格式、标题、引用等基本元素的使用说明。这种方法不仅提高了研究报告的制作效率，还支持多种输出格式（HTML、PDF、Word等），是进行
【StarFleet/Ops】2026年度联邦星舰企业架构演进与深空探测日志索引 (System Log Index)
2503_94697186的博客
01-05 387
并防止内部进程破坏连接。
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