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原创 单细胞分析报错:err: name incorrect while evaluating path within network system module - Scheme is ‘https‘

报错:prefetch SRR10340997 -o `pwd` && echo "** SRR****.sra done **"网上方案:查看sra-tools版本是否最新版(可以重新安装最新版或建立新的环境安装最新,建议删除。

2025-01-14 23:40:51 236

原创 cellcall分析报错

print(i)dev.off()

2024-11-15 12:00:03 413

原创 单细胞分析报错-Error in ..subscript.2ary(x, l[[1L]], l[[2L]], drop = drop[1L]) : x[i,j] too dense for [C

用的全部基因,没找高变基因。

2024-08-07 10:19:27 550 2

原创 单细胞分析报错-不能用所有基因来scale数据

VlnPlot(object =pbmc_harmony196, features = "PC_1", pt.size = 0, group.by = "dataset",raster=FALSE) #PCA聚类-dataset分组-Vln。VlnPlot(object =pbmc_harmony196, features = "PC_1", pt.size = 0, group.by = "dataset",raster=FALSE) #PCA聚类-dataset分组-Vln。

2024-06-19 10:13:33 1124 1

原创 单细胞分析报错:Error in marker.test[[i]] : subscript out of bounds

harmony整合后,寻找cluster marker时,在cluster12开始报错。

2024-01-28 11:48:38 344

原创 单细胞分析报错:Error: Please run UpdateSeuratObject on your object

读取rds文件后,GSE161918不是seurat对像?

2023-12-17 23:19:32 1312 1

原创 unable to coerce from TsparseMatrix to [CR]sparseMatrixwhen length of ‘i‘ slot exceeds 2^31-1

单细胞分析整合achors时报错:为什么?

2023-08-11 10:22:51 579 5

原创 服务器装R(非root权限)

conda create -n renv # 创建环境。conda deactivate # 退出环境。conda activate renv # 激活环境。# 安装R 4.1.4 版本。# 在Linux环境下。

2023-07-23 13:45:17 279

原创 R包安装方法汇总

二、BiocManager安装--六:找到R包下载地址后安装。三、git_hub安装。

2023-07-21 14:59:03 9734 1

原创 R使用中的一些报错和解决办法

运行下面代码后重启R。

2023-05-08 12:32:34 805

原创 python使用pandas打不开excel文件

使用openpyxl解决“Excel xlsx file; not supported“问题。

2022-07-11 12:31:40 1095

原创 mac使用wxPython时无法打开界面

我用的jupyter notebook,使用wxPython进行GUI开发时遇到了上述问题,目前查到的解决方案:1.使用conda环境时(1)首先需要安装python.app 打开虚拟环境:conda activate 名称 终端输入命令行:conda install -c anaconda python.app 中间需要回车确认一次(2)然后启用pythonw 终端输入pythonw(3)完成...

2022-05-26 11:57:25 255 1

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