如何定量、提取表达某基因的细胞（及比例）

最新推荐文章于 2024-07-16 14:24:28 发布

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这段代码主要进行基因表达数据的处理，首先从`sce_endo`对象中提取特定基因'PLAT'的表达数据，并转换为数据框。接着筛选出表达量大于0的细胞，然后根据这些细胞更新`sce_endo`对象。此外，还通过循环计算每个细胞群中'VCAM1'基因正向表达的细胞比例。

一，提取表达某基因的所有细胞

expr <- sce_endo@assays$RNA
gene_expression <- expr %>% .['PLAT',] %>% as.data.frame() %>% t()
gene_expression <- as.data.frame(gene_expression)
colnames(gene_expression) <- 'PLAT'
gene_expression$cell <- rownames(gene_expression)
gene_expression_sel <- gene_expression[which(gene_expression$PLAT > 0),]
sce_select <- sce[,rownames(gene_expression_sel)]
dim(gene_expression_sel) / dim(gene_expression)

二，计算每个cluster中表达某基因的细胞比例

for (i in c(0:15)){
  rate = length(WhichCells(object = sce_endo,
                           expression = VCAM1 > 0,
                           idents = i
  )) /table(sce_endo$seurat_clusters)[[i+1]]
  print(rate)
}