本文讨论了转录组成熟mRNA算法monocle2在细胞分化路径推断中的局限性，并介绍了以cellrank为代表的RNA速度方法的进步之处。cellrank不仅提供了一个完整的从bam文件到结果的流程，还支持伪时间和相似性矩阵作为输入，从而减少了计算步骤的压力。
基于转录组成熟mRNA的算法，以monocle2为代表，其结果被相当广泛的误读了。出现在一头一尾不代表必然从root分化到branch，而且目前来看monocle支持的lineage structure相对少，推断结构也不具有方向性。
目前来看以cellrank为代表的RNAvelocity方法有其进步性。除了 complete pipeline from bam file，cell rank 也可接受pseudotime、相似性等矩阵作为input，减轻了步骤计算压力。
官方教程https://cellrank.readthedocs.io/en/stable/beyond_rna_velocity.html
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