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RSS订阅原创 R --- Error in library(***) : there is no package called ‘***’ （服务器非root用户）
【代码】R --- Error in library(***) : there is no package called ‘***’ （服务器非root用户）
2025-03-26 14:55:19
383
原创 NiChart 多模态神经影像（structural MRI，functional MRI，and diffusion MRI）处理和分析工具包安装
多模态神经影像处理和分析工具NiChart安装和部署
2024-12-26 15:41:17
783
原创 The top-level auxiliary file: sn-article.aux I found no \bibstyle command---
最后发现，原来是更新了操作系统，导致很老的MikTex不能工作，于是更新MikTex到最新的版本，然后就能正常工作。突然间，Latex的references全变成了？，查找了很多帖子，都没有能解决。
2024-12-04 17:38:12
136
原创 MR image smoothing or filtering 既 FWHM与sigma之间的换算关系 fslmaths -s参数
大量的文献中都使用FWHM 作为单位，描述对MR等数据的平滑（smoothing）或者滤波（filtering）过程。FWHM 通常是指full width at half maximum的缩写，然而，在当前不少的MR处理工具中，提供的参数是高斯滤波核中的sigma,i.e.σ。σ那么数据就会过平滑，造成错误。
2024-01-24 11:35:59
1455
原创 NAS使用的一些常见命令 ssh sftp 上传 下载 配置qBittorrent | ALL in one
如果要保留当前的文件信息，如（修改时间、访问时间等），在加上-p标志。将sftp服务器上文件夹下载到本地当前目录下。将sftp服务器上文件下载到本地当前目录下。将本机上文件夹上传到远程服务器上当前目录下。将本机上文件上传到远程服务器上当前目录下。等，本机操作，前缀为l。
2024-01-09 14:22:14
1215
原创 TeX capacity exceeded, sorry [main memory size=* ] TIKZ绘图内存太大，增加mem解决方案
usr/local/texlive/2023/texmf-dist/web2c 修改。D:\MiKTeX\miktex\config 修改。
2024-01-05 11:13:04
1293
原创 CMakeTmp/testCXXCompiler.cxx:4:21::/tmp/*** No space left on device
CMAKE 编译 No space left on device
2023-10-24 13:15:24
354
原创 transformconvert: [ERROR] invalid first line (expected “#Insight Transform File V1.0“)
仿射变换矩阵从ANTs格式转成MRtrix3格式
2023-09-01 11:22:34
161
原创 在Matlab中，扩展最大为12个可用的logic cores的方法；To terminate the existing session, use ‘delete(gcp(‘nocreate‘))
在matlab中默认是只能使用12个cores，然而有时候我们的Linux服务器cpu核心数可能远远大于12，默认使用parfor的话，只能开启12 logical cores，而如果应选择72个cores的话，就会报错，
2023-08-19 00:14:17
614
原创 M1 Mac使用Mrivew 显示神经纤维
由于苹果🍎把GLSL geometry shaders 改成了Metal API，所以无法以默认的mrview神经纤维显示参数启动。要解决，首先要打开~/.mrtrix.conf。改成下面的参数：Lines。
2023-08-14 19:59:20
151
原创 LLaMA 70B Mac部署使用，解决 wrong shape； expected 8192 x 8192 小bug
mac在关闭显示器的时候，总是会自动进入睡眠，这样在下载大模型的时候，网络一中断，就无法继续下载。通过显示器-显示器能耗设置-能耗（显示器关闭时，防止自动进入睡眠），就可以防止系统睡掉。
2023-08-01 16:06:09
915
原创 纯小白安装和使用CodeWhisperer，解决Unable to connect to AWS错误
CodeWhisperer可以插入Pycharm、VS-codes等IDE工具，辅助写代码。由于对于AWS亚马逊的生态一无所知，看别人的安装视频时常一头雾水，不知所云。例如知乎给出的帖子，已经很详细了，https://zhuanlan.zhihu.com/p/632593176，但还是对里面的概念不了解，CodeWhisperer的功能也无法正常使用。
2023-07-12 15:28:58
2938
12
原创 DIPY - Bundle-based Analysis，AFQ和BUAN，更新ing
大脑白质分析，神经纤维束分割，比较等，碎碎念，流水账记录。
2023-07-09 20:50:28
431
原创 MacBook M1 32G配置大语言模型
🍀 For MacOS with Arm-based M1/2 Chips，部署大语言模型，跳坑有心得。ImportError: cannot import name '_itree' from partially initialized module 'itree' mach-o file, but is an incompatible architecture (have (x86_64), need (arm64e))
2023-07-08 23:15:24
1481
原创 EPI distortion correction形变矫正, eddy, fieldmap等五种不同方法
diffusion/functional MRI data preprocessing
2023-05-01 20:22:15
2958
5
原创 安装 AFQ以及babyAFQ，24小时趟坑记录（SLURM集群部署坑已填-2023-5-9）
白质神经纤维束分割工具AFQ/babyAFQ趟坑,1）.dylib not found error;2）command not found error.
2023-04-30 14:23:31
935
原创 Nvidia A100安装tensorflow 1.15.5
python，显卡，cuda版本造成tensorflow安装不成功的解决思路
2023-03-30 11:14:35
1929
10
原创 ssh:连接到主机bitbucket.org端口22:连接超时
ssh: connect to host bitbucket.org port 22: Connection timed outfatal: Could not read from remote repository.
2023-01-05 17:28:39
1034
原创 Nvidia A100-SXM4-80GB 上跑niftynet使用tensorflow1.15踩坑
A100-80G 上跑tensorflow 1.15的niftynet
2022-12-12 00:27:06
950
原创 安装tensorflow-metal 巨慢然后报错 ReadTimeoutError: HTTPSConnectionPool
MBP 安装tensorflow-metal巨慢
2022-04-24 00:00:11
405
原创 Failed environment install leads to “unable to create process using“ error
conda 意外错误 unable to create process
2021-12-21 18:36:18
1056
原创 Tensorflow 图学习 模型保存，导入，再训练，再保存。
入坑了tensorflow，使用图学习模型做无监督特征提取。主要是使用graph autoencoder（GAE） 提特征，然后做分类。因为已经有了经过预训练的网络，就想要使用预训练的网络权值做初始化，然后利用新的数据集重新训练网络。自己花了五天，踩了挺多莫名奇妙的坑，看到网上的教程很多，但是还没有一个是我这样的需求，就记录一下，分享下 踩坑经验。总结了一下，大概有这么三个命令十分关键，大部分的问题都来自这三个命令。 1. saver = tf.train.Saver() # tf.trainable
2021-12-09 14:51:33
659
原创 AttributeError: module ‘matplotlib.cbook‘ has no attribute ‘is_string_like‘
在使用matplotlib包画Networkx生成的networks时，会报 AttributeError: module 'matplotlib.cbook' has no attribute 'is_string_like' 这样的错误。不少的帖子都说将matplotlib版本降低，然而这样就无法使用3d的layout。pip install matplotlib==2.2.3.而实际上，这个问题是由于matplotlib的版本和Networkx不匹配而产生的。都使用最新的版本就没问题了。参考
2021-11-12 18:38:23
2863
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原创 FSL 报错 module not found error, no module named “dicom.values“
FSL bug correction
2021-10-06 18:15:53
631
原创 FileZilla CentOS linux timed out
FileZilla CentOS linux timed outFileZilla 是一款可以在linux平台下使用的GUI ftp sftp工具，可以非常方便的用来同服务器上传下载数据。安装也非常方便，使用yum官方安装即可。yum -y install epel-release yum -y install filezilla装上之后折腾了一大圈，修改sshd文件，关防火墙，可怎么都连不上，就差重装系统了。Error: Connection timed outError: Could
2021-08-09 10:35:21
177
latexdiff.pl
2019-07-31
OpenCV 3.20 + contrib
2017-05-26
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