34、Lambda3：SeqAn3 驱动的高性能序列比对应用

Lambda3：SeqAn3 驱动的高性能序列比对应用

1. 性能测试概述

在进行性能测试时，使用了自定义的基准测试套件。测试的重点在于确定可行的默认参数，并将 lambda3 与之前的版本进行比较，同时也与当前版本的 DIAMOND 和 MALT 进行了对比。这里仅比较了蛋白质模式（BlastX），对 lambda3 进行核苷酸搜索的适当调整将在开发亚硫酸氢盐功能的背景下进行。

查询序列来自两项近期的微生物组研究，具体信息如下表所示：
| 编号 | 查询集 | 技术 | 长度 | 领域 | 作者/日期 |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| I | SRR6043351 | Illumina | 125 | 转录组学 | Visnovska 等 (2019) |
| II | ERR187768* | Illumina | 251 | 宏基因组学 | Bahram 等 (2018) |

所有基准测试均针对 2020 年 1 月 31 日下载的 UniProt Swiss - Prot 进行。

2. Lambda3 的参数空间

第一个基准测试的结果如下表所示：
| LAMBDA 版本 | 索引 | 字母表 | 播种 | 命中 | 性能 |
| ---- | ---- | ---- | ---- | ---- | ---- |
| | FM | 方向 | 缩减 | 长度 | 错误 | 偏移 | 查询数量 | 总计 | 时间 | 内存 |
| 0.4.7 | WT | uni | Mu10 | 10 | 1