32、序列分析中对齐模块与Lambda应用的性能、特性与应用场景解析

序列分析中对齐模块与Lambda应用的性能、特性与应用场景解析

1. 对齐模块的性能分析

对齐模块在可用性方面提供了大部分计划中的功能，其接口也接近最终设计状态。不过，在高性能实现上，仍有许多关键部分缺失。

早期的微基准测试显示了一些有希望的结果。SeqAn3的基础性能（单线程、无向量化）比SeqAn2慢近两倍，但在多线程和向量化方面，SeqAn3的扩展性更好。在六项测试中的五项里，SeqAn3的向量化性能甚至超过了SeqAn2。需要注意的是，这只是微基准测试，还需要更多应用数据来准确预测性能。

以下是对齐微基准测试的结果表格：
| 序列长度 | 线程数 | SIMD | SeqAn2 | SeqAn3 |
| — | — | — | — | — |
| 150 ± 0 | 1 | – | 386 M/s | 219 M/s |
| 150 ± 32 | 1 | – | 378 M/s | 220 M/s |
| 150 ± 64 | 1 | – | 384 M/s | 221 M/s |
| 150 ± 0 | 4 | – | 1362 M/s | 951 M/s |
| 150 ± 32 | 4 | – | 1306 M/s | 1005 M/s |
| 150 ± 64 | 4 | – | 1333 M/s | 1000 M/s |
| 150 ± 0 | 1 | SSE4 | 3606 M/s | 3071 M/s |
| 150 ± 32 | 1 | SSE4 | 2007 M/s | 2032 M/s |
| 150 ± 64 | 1 | SSE4 | 154