一文读懂|免疫沉淀串联质谱分析（IP-MS）全流程

蛋白质作为细胞功能的核心执行者，其功能实现并非孤立进行，而是通过与其它蛋白质、核酸或小分子形成精密的相互作用网络，协同调控细胞信号传导、代谢途径、基因表达等关键生物学过程。蛋白质相互作用组学作为系统生物学的重要分支，致力于在全基因组尺度上揭示蛋白质间的相互作用关系及其在生命活动中的动态调控机制。这一领域的研究不仅深化了我们对细胞内分子机制的理解，更为疾病的发生发展提供了全新的研究视角。尤其在癌症、神经退行性疾病和感染性疾病等重大疾病研究中，蛋白质相互作用网络的异常往往扮演着关键驱动因素的角色。

在蛋白质相互作用研究的技术体系中，免疫沉淀串联质谱分析（Immunoprecipitation coupled with Mass Spectrometry, IP-MS）凭借其独特优势成为不可或缺的研究工具。该技术巧妙地将免疫沉淀的高特异性与质谱分析的高灵敏度相结合，能够精确鉴定和定量目标蛋白质及其相互作用复合物。通过利用特异性抗体捕获目标蛋白质及其结合蛋白，IP-MS不仅可揭示蛋白质间的直接相互作用，还能解析蛋白质复合物的组成、动态变化及翻译后修饰等关键信息。这一技术平台在疾病机制解析、药物靶点筛选以及生物标志物发现等领域展现出重要的应用价值。接下来，本文将从实验原理、技术流程及应用场景等多个维度对IP-MS进行系统阐述。

IP-MS 原理

IP-MS是研究蛋白质相互作用的一种常用技术，其核心原理基于抗原与抗体的特异性结合。该技术通过利用特异性抗体与目标蛋白（抗原）结合，形成抗原-抗体复合物，随后通过免疫沉淀的方式将复合物分离出来。最后，结合质谱技术对复合物中的蛋白质进行鉴定和定量分析，从而实现对目标蛋白及其相互作用蛋白的检测与表达分析。

抗原-抗体复合物