组学数据分析实操系列 | （二）一键实现MaxQuant非标定量蛋白质组学搜库结果的生信分析

前言

上一篇我们介绍了如何通过MaxQuant软件对非标定量蛋白质组学原始数据进行分析得到搜库结果，下一步该怎么做呢？今天和大家分享一个非常实用的工具——LFQ-Analyst。该工具由蒙纳士大学的组学和生信平台开发，是一个交互式Web应用程序，旨在简化蛋白质组学的差异表达分析过程。LFQ-Analyst提供了用户友好的分析功能，可对MaxQuant搜库的非标定量（LFQ）蛋白质组学数据进行常见的生信分析和可视化，方便我们对蛋白质组学数据进行理解和挖掘。

分析流程

登录LFQ-Analyst网站，点击Analysis进入分析界面

01

https://analyst-suites.org/apps/lfq-analyst/

02 导入数据，设定参数

LFQ-Analyst需要两个输入文件：proteinGroups.txt和Experimental Design Matrix。proteinGroups.txt是MaxQuant软件的搜库结果，包含蛋白的鉴定和定量信息，可在搜库结果文件夹combined的txt子文件夹中找到；而Experimental Design Matrix是一个格式固定的文本文件，主要是对样本和分组信息进行标注，包含label、condition、replicate三种信息。