蛋白质组学基础入门系列 | （八）蛋白质组学数据分析和展示

前言

本系列第七讲为大家介绍了搜库的相关内容，使用Maxquant对原始谱图搜库完成后，可以得到大量蛋白质的鉴定和定量信息。下一步就需要通过统计分析和生物信息学分析，从搜库得到的大量信息中筛选和寻找关键蛋白和信号通路，以及进行相关功能的验证。本讲我们会为大家介绍如何进行蛋白质组学的定量数据分析以及结果展示，主要包括：蛋白质鉴定和定量数据统计、差异表达蛋白筛选、功能注释和富集分析以及蛋白互作网络分析。

定量数据统计和展示

在蛋白质组学数据分析过程中，首先会对所有的鉴定和定量数据进行统计和展示，主要关注蛋白鉴定数目、肽段鉴定数目、肽段分布情况以及样品相关性和重复性等内容，展示蛋白质组学数据的定量深度、可信度和重复性等。

如下图所示，蛋白质组定量深度主要体现在各个样品中鉴定及定量到的蛋白和肽段数量，数量越多，表明定量深度越深，意味着能够获得更全面的蛋白质组学信息。同时，不同样品间定量深度的差异，也可以初步反映样品和方法的重复性和稳定性。

（肽段数量统计图（上）和蛋白数量统计图（下）[1]）

蛋白质组学数据的可信度，可通过各个蛋白鉴定到的肽段数量以及各条肽段鉴定到的谱图数量分别展示。一般认为鉴定到2条及以上肽段的蛋白或2张及以上谱图的肽段为可信度更高的鉴定结果。