蛋白质组学基础入门系列丨（七）蛋白质组学数据库检索

前言

Shotgun法分析蛋白质组一般包含四个步骤：①样本制备；②质谱检测；③数据库检索；④数据分析，步骤①、②已在往期文章中介绍过，本期文章重点讲解质谱检测得到的数据该如何进行搜库处理。

1. 搜库软件简介

在蛋白质组学中，搜库通常是指通过计算机软件对质谱采集的原始谱图数据进行解析，从而获得肽段及蛋白的鉴定和定量信息的过程。

目前常用的搜库软件中，有些是由商业公司开发的，如Proteome Discoverer、Spectronaut、ProteinPilot等，功能较全面，与对应质谱仪器适配程度高，使用较简单，但往往需要高额收费。有些搜库软件则是由从事蛋白质组学研究的课题组开发的，如X!Tandem、pFind、Comet等，通常可免费下载使用，其搜库算法各有特色，但在某些方面可能表现不佳，且有些软件使用方法也较为繁琐。其中，由德国马克思-普朗克研究所Jürgen Cox和Matthias Mann教授课题组开发和维护的MaxQuant，经过多年的发展升级，已成为目前蛋白质组学中使用最广泛的搜库软件之一。

（常用的蛋白质组学搜库软件）

MaxQuant（https://www.maxquant.org/）拥有自己的肽段搜索引擎——Andromeda，支持目前所有蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式；支持标记定量和非标定量；拥有非线性质量校正和Match Between Runs功能，可以提高蛋白鉴定数量和定量准确性。MaxQuant主要部署在Windows系统，有较完整的结果查看和分析界面，使用方法较简单，并且有配套的结果后处理软件Perseus。此外，该课题组还多年组织暑期教学课程，拥有完善全面的MaxQuant使用教程