组学数据分析实操系列 | （一）用MaxQuant软件对定量蛋白质组学数据进行数据库检索

前言

MaxQuant是一款免费的蛋白质组学软件包，由马克斯-普朗克生物化学研究所开发。它内置了自己的搜索引擎Andromeda，可以支持目前主流的蛋白质组学质谱仪厂商产生的原始数据格式。MaxQuant支持标记定量和非标定量，2.0版本后的MaxQuant还支持DIA的数据分析。MaxQuant具备非线性质量校正和Match Between Runs功能，可以增加蛋白鉴定数量和提高定量准确性。下面我们主要以非标定量蛋白质组学（LFQ）数据为例，向大家演示MaxQuant数据库检索的过程。

一、非标定量数据搜库过程

01

下载MaxQuant软件

进入官方网站www.maxquant.org 下载MaxQuant软件。软件无需安装，解压后双击MaxQuant.exe即可运行。

下载蛋白质序列数据库fasta文件

02

数据库检索（简称搜库）是将质谱采集到的原始谱图数据和蛋白质序列数据库进行比对解析的过程，因此大部分搜库软件都需要两类输入文件：蛋白质序列数据库和质谱原始数据，MaxQuant也不例外。

MaxQuant对蛋白质序列数据库fasta文件中的蛋白质序列进行模拟酶切和碎裂，将蛋白质序列信息转换为理论谱图数据。通过将理论谱图数据与实际采集到的原始谱图数据进行比对打分，实现搜库的过程。

蛋白质序列数据库fasta文件的下载方法如下：

（1）打开UniProt网站www.uniprot.org，以下载human蛋白质序列数据库为例，选择Taxonomy，输入Human进行搜索，点击Taxon ID 9606，进入以下页面。点击View proteomes，选择Reference proteomes。