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RSS订阅原创 如何下载并在endnote怎么导入新的文献格式
本文介绍了在EndNote中设置杂志要求的参考文献格式的方法。首先建议查看目标杂志官网的格式要求，以Poultry Science为例说明标准格式。提供了两种设置方式：一是直接使用EndNote中已有的类似格式；二是通过官网下载所需杂志的.ens格式文件，复制到Styles目录或通过file-save as方式导入。方便科研人员快速调整参考文献格式以满足投稿要求。
2025-09-02 10:14:46
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原创 什么是测序？
覆盖度：测序序列覆盖基因组的范围 由于基因组高GC、重复序列 Gap未覆盖区域 而T2T基因组彻底解决了基因组的Gap问题（超长reads）QQ图看关联结果的好坏，判断模型好坏，在2之前散点是否贴合拟合直线，偏离越大模型越有问题，之后的散点偏离越大，模型拟合越好。保证SNP的准确性和覆盖度，需要一定的测序深度，早期为了节约成本，采用低深度加算法填补（可能引入错误的SNP信息）群体：利用群体的变异信息进行遗传重组，种群分类的群体遗传学的研究。个体：个体与参考基因组的差异，寻找治病因子，个性化治疗方案。
2024-12-31 14:34:24
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原创 引物设计流程
引物3'端错配时，不同碱基引发效率存在着很大的差异，当末位的碱基为A时，即使在错配的情况下，也能有引发链的合成，而当末位链为T时，错配的引发效率大大降低，G、C错配的引发效率介于A、T之间，所以3'端最好选择T。而且引物设计时应该考虑到引物要有不受基因组DNA污染影响的能力，即引物应该跨外显子，最好是引物能跨外显子的接头区，这样可以更有效的不受基因组DNA污染的影响。做Real Time时，用于SYBR Green I法时的一对引物与一般PCR的引物，在引物设计上所要求的参数是不同的。
2024-12-31 14:30:12
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原创 监督分类or非监督分类、硬聚类or软聚类
一个样本同时属于所有的类，但是通过隶属度的大小来区分其差异。为了克服硬聚类的局限性，我们实施了软聚类，软聚类具有更强的噪声鲁棒性，并且可以避免对基因或蛋白质进行先验的预过滤，这样可以防止从数据分析中排除生物学相关的基因或蛋白质。fuzz对不同连续样本下蛋白丰度变换进行聚类分析，该方法采用了一种新的聚类算法fuzzy c-means algorithm，相比K-means等hard clustering算法，一定程度上降低了噪声对聚类结果的干扰，而且这种算法有效的定义了基因和cluster之间的关系。
2024-11-18 16:43:31
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原创 剩余采食量计算方法及回归分析
标准误差越小，表示该系数的估计越精确可靠除了偏回归系数，SPSS的多元回归分析还提供了其他相关统计指标，例如:截距项(指当所有自变量为0时，因变量的预测值)、显著性水平(表示自变量对因变量的影响是否县有统计显著性)、回归模型的拟合优度等，这些指标可以帮助我们更全面地理解自变量对因变量的影响。平方和（SS），自由度（df），均方（MS），F（F统计量），显著性（P值），一般只需关注 F 和 P，0.01 < p <= 0.05 ，具有统计学意义，p <= 0.01 具有极其显著的统计学意义。
2024-11-18 16:34:26
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原创 蛋白质组学搜库软件之 MaxQuant 介绍
1 Controlling FDRs 控制假阳性: 从复杂的自底向上的蛋白质组学实验中得到可靠的蛋白质鉴定需要严格的统计分析和对错误鉴定的严格控制。反相数据库 (decoy database) 中的蛋白数目，长度，酶切后获得的多肽的数目，氨基酸组成均与原数据库相同。Protein ratio ：在标记定量中出现，指感兴趣的蛋白的所有肽段的同位素丰度比值的中位数。每一个肽段的相对丰度，也就是相对含量，可以理解为含量或者丰度，值越大，丰度越高。与原始数据库不同的是，这些多肽序列是虚构的，不可能在样品中存在。
2024-10-29 16:27:27
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原创 表观遗传学---DNA甲基换、组蛋白甲基化/磷酸化
组蛋白乙酰化主要与基因激活有关，组蛋白乙酰化主要发生在H3、H4的N端比较保守的赖氨酸位置上，是由组蛋白乙酰转移酶和组蛋白去乙酰化酶协调进行。修饰时一种以共价方式进行的蛋白质翻译后修饰（PTM），包括：甲基化（M），磷酸化（P），乙酰化（A）等等。研究表明，组蛋白精氨酸甲基化是一种相对动态的标记，精氨酸甲基化与基因激活相关。特定基因区域的组蛋白乙酰化和去乙酰化是以一种非随机的、位置特异的方式进行。组蛋白：细胞核中 的染色体是高度压缩的，而折叠时DNA缠绕的就是组蛋白。而组蛋白H3是修饰最多的组蛋白。
2024-10-29 16:23:57
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原创 方便的电脑文件检索工具Everything、Listary、AnyTXT Searcher
Everything、Listary 和 AnyTXT Searcher 这三个软件堪称 Windows 电脑三大文件搜索神器，而且都是最好用的！前两个软件熟悉的人比较多了，AnyTXT 有点冷门，我们之前推荐过，是一款全文搜索工具。这三个都是电脑文件搜索软件，但又各有自己的专长，不能相互替代，都是妥妥的效率神器。本文我们就来详细说说这三个软件的功能特色与区别，方便新老用户了解使用，提高效率。
2024-10-28 08:41:54
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原创 蛋白组学/磷酸化蛋白组学分析笔记-1
蛋白质的功能决定其丰度。iTRAQ/TMT分别是由美国 Thermo 公司和 AB SCIEX公司研发的多肽体外标记定量技术，是目前运用最广泛的两种标记定量蛋白质组技术，具有相似的原理，两主要区别在于：TMT最高可同时标记16组不同的生物样品，iTRAQ最高可同时标记8组不同的生物样品。原理：根据一级质谱相关的磷酸化肽段峰强度、峰面积、液相色谱保留时间等信息，基于磷酸化肽段母离子强度（或色谱离子流的峰面积），以一级质谱MS1为定量基础，计算每个磷酸化肽段的信号强度在LC-MS色谱上的积分，进行磷酸化定量。
2024-10-23 15:44:19
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原创 生信培训相关课程资料
动植物基因组比较基因组与泛基因组：链接：https://pan.baidu.com/s/1l0CDosxPgodWyXkuLNRpuw 提取码：lzns。动植物基因组技术介绍：链接：https://pan.baidu.com/s/1NjDGav0IC8FTRjhOHTA9JQ 提取码：l4j4。动植物基因组注释：链接：https://pan.baidu.com/s/1iu44BRkC_-5saYPXwx6MLg 提取码：m3ir。
2024-10-23 15:34:09
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原创 STRING数据库的蛋白质相互作用（PPI）网络分析
在转录调控相关的文献中，我们经常能够看到这样的蛋白质相互作用网络（protein protein interaction network，PPI network）。具体而言，这些相关的文献中首先通过RNA-seq、表达谱芯片或者蛋白质组分析等，找到了在不同分组样本间一系列的差异表达基因或蛋白。
2024-10-16 16:42:38
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原创 KEGG数据库和信号通路图解析
在进行生物学实验或者生物信息的学习中，都会听说KEGG富集分析，而且该方法在高通量测序分析中已然成为数据分析中必不可少的一环。这种分析方法依托的是由 Kanehisa实验室 在1995年开发的KEGG数据库，全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes（京都基因与基因组百科全书）。它拥有多个子数据库，包含基因组，生化反应，生化物质，疾病与药物，以及最常用PATHWAY通路信息。
2024-10-16 16:37:38
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原创 机器学习与神经网络的发展前景
首先，这一奖项的颁发表明了物理学领域的拓展。大数据的处理、复杂系统的模拟，以及新材料的设计等，都离不开强大的计算能力，而机器学习与神经网络正是这一领域的核心技术。从材料科学中的新材料发现，到天体物理学中的星体运动预测，再到粒子物理中复杂实验数据的处理，机器学习工具的引入正在推动物理学向更加精确、高效的方向迈进。诺贝尔物理学奖的这一选择，某种程度上也是对未来科技走向的一种肯定，它向世人传递了一个信号：人工智能和机器学习不仅仅是科技界的“工具”，它们已经成为推动人类社会进步的重要引擎。
2024-10-15 15:23:15
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原创 Python常见问题汇总
解答：win+r 输入cmd回车 输入 where Python 回车 出现Python的绝对地址，复制这个绝对地址，进人pycharm里面 ctrl+alt+s 弹出设置。注意：大部分模块都能套娃安装 pip install xxxx（模块名字） 这个模块名字报错的时候会直接引号标注。问题原因：1.没有安装Python 2.安装Python的时候没有勾选PATH选项。解答：这个是Python已经安装完成了，不用再安装，接下来安装pycharm。问题原因：不是视频网址，爬取内容肯定打不开。
2024-10-15 15:02:26
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原创 实验技术——质粒抽提原理、方法以及常见的问题汇总
质粒提取使用的溶液I主要是悬浮菌体，溶液II裂解菌体，其中的高浓度NaOH破会细菌细胞壁和细胞膜，使菌体中的质粒DNA释放出来，溶液III主要是中和溶液，使溶液恢复中性环境，利于质粒DNA复性，溶液II中SDS的Na+会被K+置换，SDS变为PDS并结合大分子的基因组DNA,蛋白质和细胞碎片形成不溶物，然后通过离心可以得到含有质粒DNA的上清。在接菌前，可以将保存的菌种先进行活化，然后再接菌，可使过夜培养的菌液生长更充分，在一定范围内菌体量的增加，可以提高所提质粒的浓度。此时必须用酚：氯仿进行抽提。
2024-10-15 14:53:05
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原创 转座子注释
转座子是一类在细菌的染色体，质粒或噬菌体之间自行移动的遗传成分，是基因组中一段特异的具有转位特性的独立的DNA序列.转座子是存在于染色体DNA上可自主复制和位移的基本单位。最简单的转座子不含有任何基因而常被称为插入序列(IS)，它们是细菌染色体或质粒DNA的正常组成部分转座(因)子是基因组中一段可移动的DNA序列，可以通过切割、重新整合等一系列过程从基因组的一个位置"跳跃"到另一个位置。复合型的转座因子称为转座子(trans-poson，Tn)。这种转座因子带有同转座无关的一些基因，如抗药性基因，它的
2024-10-14 16:34:35
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原创 独立样本t检验，非参数检验
输出结果，看正态性检验。指标放入检验变量列表，将组放入分组变量（注意：点击定义组，只有。先看莱文方差等同性检验，显著性大于。探索，将指标全部放进因变量列表里，将组放进因子列表里，单击。接下来，只需要将检验的结果整理成三线表就可以愉快地使用了。可以看到，被试组和健康组的。首先对数据进行正态性检验，符合正态性的使用独立样本。指标放入检验变量里，组放入分组变量里。不符合正态性地使用非参数秩和检验。个指标数据，分析干预组和对照组的差异。输出结果看检验统计的表。可以看到，莱文方差检验。指标使用非参数秩和检验，
2024-10-13 09:08:16
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转载 GWAS群体进化分析——群体选择分析
的大小主要决定于遗传漂变和迁移等因素的影响，如果种群中一个等位基因因为对于特定生境的适合度较高而经历。的突变时，具有该基因的个体将比其它个体留下更多的子代，而突变基因最终在整个群体中扩散。间平均多态性大小与整个种群平均多态性大小的差异，反映了群体结构的变化。的差异识别选择信号，用来测量驯化群体相对于野生群体的群体多态性损失。指群体中出现有害突变时，携带该基因的个体会因为。那么其频率的升高会增大种群分化水平，有较高的。为每个位点的突变速率，群体多态性参数。，群体结构，或者平衡选择引起的。
2024-10-11 15:39:21
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原创 NCBI引物设计流程
注意为FASTA sequence，因此在第一行键入>ACTB（ACTB为目的基因名），然后回车，粘贴刚刚复制的序列。打开主页后，选择Gene，然后在后面输入目的基因名，基因后面可以加空格然后加种属缩写，不知道种属缩写也可以不加。需要运行几十秒，得到10对引物后进行选择，最好GC百分比在45%-55%之间，Tm在60℃左右。上图红框内可以选上，但如果选上得不到结果，就可以不选。进入下一页面后，向下拉，直到mRNA and Protein，点击红框内数字。找到目的基因，注意后面标记的种属，然后点基因名。
2024-10-09 20:13:05
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原创 小提琴图、核密度图、箱线图解读
通过箱线图，可以查看有关数据的基本分布信息，例如中位数，平均值，四分位数，以及最大值和最小值，但不会显示数据在整个范围内的分布。箱子的大小取决于数据的四分位距（IQR），即Q75- Q25（Q75 ：75%分位数 , Q25: 25%分位数 , Q75和Q25为四分位数)。诸位请看：小提琴图的内部是箱线图（有的图中位数会用白点表示，但归根结底都是箱线图的变化）；小提琴图是常见的描述数据的统计图，可以很好的展示数据结果，看起来非常美观，在文章中也非常多见，今天就带大家来一起解读一下小提琴图！
2024-10-08 14:49:51
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原创 余弦节律拟合
生物节律拟合分析，参照CircaCompare: a method to estimate and statistically support differences in mesor, amplitude and phase,between circadian rhythms的分析方法对数据进行24或者48h拟合。关于以上CircaCompare非线性回归的计算方法，不仅能够准确、高效的对节律进行拟合分析，而且对未来不同来源的非线性拟合结果进行两两比较，为后续的研究开展提供分析基础。
2024-07-25 15:29:51
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空空如也
计算机环境设置应该如何调整
2024-10-16
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