捕获罕见“激活信号”:热蛋白组分析TPP技术破解酶激活剂筛选的百年困局

引言

如果把药物研发比作一场狩猎,那么“酶抑制剂”就是漫山遍野的兔子,而“酶激活剂”则是那只传说中罕见的独角兽。

在过去几十年的药物化学教科书里,我们习惯了“阻断”、“拮抗”、“抑制”这样的字眼。这并不奇怪,因为从热力学和结构生物学的角度来看,破坏一个功能(抑制)远比增强一个功能(激活)要容易得多。就像向精密的齿轮里扔一颗石子很容易让机器停转,但要让机器转得更快、更顺滑,则需要极其精妙的微调。


01 令人咋舌的“50:2”悬殊比例

让我们先看一组略显残酷的数据。

根据最新的医药行业统计,在 2018 年至 2022 年这五年间,FDA 批准上市的小分子药物中,有超过 50 款是明确的酶抑制剂。那么酶激活剂呢?

答案是:仅有 2 款。

如果把时间范围缩小到 2022 年,当年批准的 37 款新药中,酶抑制剂占了 8 席,而酶激活剂仅有 1 席。这种数量级的差异并非因为激活剂没有临床价值 —— 恰恰相反,在神经退行性疾病(如阿尔茨海默病)、代谢性疾病(如线粒体功能缺陷)等领域,我们迫切需要“唤醒”那些沉睡或受损的酶。

为什么激活剂这么难找?除了结构设计的难度,核心痛点在于我们传统的筛选方法存在巨大的“体制性偏见”:

▶ 酶活检测的盲区: 绝大多数高通量筛选(HTS)是在底物浓度饱和或接近Km值的情况下进行的。这种条件极其有利于发现竞争性抑制剂,却很容易漏掉那些需要别构调节才能起效的激活剂。

化学探针的局限: 传统的“活性蛋白质组学分析”(ABPP)依赖于带有“弹头”的探针去共价标记酶的活性中心。这种机制天生就是为发现占据活性中心的抑制剂而设计的。对于那些结合在别构位点、只改变蛋白构象而不占据活性中心的激活剂,ABPP 往往无能为力。


02 Tutin 的启示:当“抑制导向”思维碰壁时

2023 年,一篇关于神经毒素 Tutin(马桑毒素) 的重磅研究为我们提供了一个完美的教科书案例。

Tutin 是一种会导致剧烈癫痫的天然产物。在长达百年的时间里,科学家们知道它能引起神经兴奋,却始终不知道它的确切靶点。按照传统的思维惯性,大家推测它可能是一种神经抑制性受体(如 GABA 受体)的拮抗剂——因为“阻断抑制”等于“兴奋”。

研究人员最初尝试了传统的化学生物学路子:合成探针。他们试图在 Tutin 分子上加个“钩子”(Biotin),想把它结合的蛋白“钓”出来。结果非常尴尬:Tutin 的结构太敏感了,加上钩子后,活性完全丧失。这是天然产物研究中典型的死胡同:不改没法钓,一改就不灵。

更重要的是,随后的研究证明,Tutin 根本不是大家猜想的抑制剂,而是一个罕见的酶激活剂——它直接结合并过度激活了 Calcineurin(钙调神经磷酸酶)。

这就解释了为什么传统的筛选屡屡失败:在一个以“寻找抑制剂”为默认设置的系统里,我们很难捕捉到“激活剂”的信号。


03 TPP 技术:不问“功能”,只问“结合”

在 Tutin 的研究陷入僵局时,热蛋白质组分析(Thermal Proteome Profiling, TPP) 技术成为了破局的关键。

TPP 的核心逻辑非常简单且霸道:它不关心药物是抑制了酶还是激活了酶,它只关心药物是否“抱住”了酶。

热力学真理:当一个小分子药物(无论是抑制剂还是激活剂)紧紧结合在一个蛋白质上时,这个蛋白质的结构会变得更稳定,更耐热。

无差别打击:TPP 不需要对药物做任何化学修饰(解决了 Tutin 探针合成失败的问题),直接把原药扔进细胞,加热,看哪个蛋白“不仅没熟,还很稳定”。

在 Tutin 的实验中,研究人员正是利用 TPP,在数千个蛋白质中一眼发现了 Calcineurin A (CNA) 的热稳定性发生了显著偏移。

这一发现证明了 TPP 能够跨越“功能偏见”,无差别地识别出别构调节剂和酶激活剂。因为对于 TPP 而言,激活剂引起的构象变化往往能带来比抑制剂更显著的热稳定效应。


04 总结:用 TPP 挖掘药物研发的“暗物质”

如果说酶抑制剂是药物研发皇冠上的明珠,那么酶激活剂就是深埋地下的金矿,储量巨大但极难探测。

面对天然产物这种结构复杂、往往通过“非典型”机制(如激活、别构调节)起效的分子,传统的酶学筛选和探针技术很容易失效。而 TPP 技术凭借其无标记、原位、且对结合模式不设限的特性,正是探测这类“暗物质”的最佳工具。

对于科研人员而言,下一次当你面对一个表型明确但机制不明的活性分子,尤其是当你怀疑它可能不是一个简单的抑制剂时,不妨试试 TPP。它可能会帮你找到那只藏在数据噪声中的“独角兽”。


参考文献

1. Han QT, Yang WQ, Zang C, et al. The toxic natural product tutin causes epileptic seizures in mice by activating calcineurin. Signal Transduct Target Ther. 2023;8(1):101. Published 2023 Mar 10. doi:10.1038/s41392-023-01312-y

2. Kok BP, Ghimire S, Kim W, et al. Discovery of small-molecule enzyme activators by activity-based protein profiling. Nat Chem Biol. 2020;16(9):997-1005. doi:10.1038/s41589-020-0555-4

3. Dow LF, Case AM, Paustian MP, Pinkerton BR, Simeon P, Trippier PC. The evolution of small molecule enzyme activators. RSC Med Chem. 2023;14(11):2206-2230. Published 2023 Sep 22. doi:10.1039/d3md00399j

4. Deng L, Meng T, Chen L, Wei W, Wang P. The role of ubiquitination in tumorigenesis and targeted drug discovery. Signal Transduct Target Ther. 2020;5(1):11. Published 2020 Feb 29. doi:10.1038/s41392-020-0107-0

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