蛋白互作组学系列丨（七）蛋白互作结构域的预测分析

最新推荐文章于 2025-07-25 13:08:06 发布

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#蛋白互作 #IP-MS #数据分析 #医学科研

通过以往几期的内容，筛选得到诱饵蛋白的关键互作蛋白之后，通常可以从两方面进行后续的研究：一方面探索蛋白互作的功能，可以通过敲除或过表达互作蛋白后检测下游信号通路或相关表型的变化；另一方面可以探索蛋白互作的机理，即探索这一蛋白互作是通过蛋白的哪些结构域实现的。

目前常见的互作结构域分析流程，一般是通过文献或已有的报道，选择诱饵蛋白和互作蛋白中可能发生互作的结构域，建立截短突变或点突变蛋白，分析蛋白互作的变化。

除了根据已有的相关文献和研究报道判断互作结构域之外，还可以通过以下流程，借助生物信息学工具预测蛋白相互作用的结构域。

1、基于AlphaFold的蛋白结构预测

要预测蛋白的互作结构域，首先需要获得蛋白的结构信息。这类信息可通过PDB数据库查询检索获得，该数据库收录了通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等各种实验手段确定的蛋白质的三维结构。但仍有很多蛋白在PDB数据库中无法找到对应信息或难以准确匹配。这种情况下可通过AlphaFold网站基于蛋白序列预测其结构信息，并下载相应的PDB结构文件。

1) 输入蛋白的Uniprot Accession编号，如Q8IUK8。