DTLINK-优快云博客

原创 R和Rstudio安装与Rstudio基础设置

安装过程也很友好，没有啥复杂操作，只是安装时会提示你选择R版本，选择我们已经安装的R版本就行，就算选错也没关系，后续可以在软件中更改。1. 下载R，R版本并不是最新的就是最优解，用适合自己的才行，具体就是看后续使用的R包是否与R版本兼容。这里需要设置两个重要的选项，一个是R version，一个是工作环境的存储位置。最后就是到了捏脸环节，选择自己喜欢的界面风格，这个自己选吧，黑色界面看着不错，还可以装13。根据自己的系统，选择对应版本，我用的windows。这里从官网下载R，这里我用的是R4.5.1。

2025-10-16 18:37:50 460

原创虚拟机安装ubantu24并设置共享文件夹

将光标移到文档末尾，按 i 进入插入模式，并将下列代码复制到文档末尾，之后按ESC退出编辑，并输入“：wq！再次启动虚拟机后会提示Vmware的安装，并给出下载链接，将linux.iso下载好之后，再重新挂载linux.iso。1. 下载VMware17，其他的不必多说，但是建议这些国外的软件尽量还是安装在全英文路径下，避免一些不必要的麻烦。这个需要自己下载一个iso文件进行挂载，操作可以参考以下方式，并不是最优解，但实测没问题。在终端中进入该文件夹路径，运行pl脚本开始安装，之后就安装完成了。

2025-10-15 16:13:50 586

原创利用WIPO来填写专利申请中的序列保护文件

填写完成后导出xml文件，这个用于上传到专利申请的客户端，导出的压缩包用于保存原始文件，可方便后续更改信息。1：填写这份文件的名字，自己命名就行，一般用基因自身的名字就行。3：填专利客户端提供的专利序号，类似1000001这种。申请号那里也可以直接填第一组3号空里面一样的序号。填写序列信息，按照要求将所有保护序列一条一条录入。2：选before，因为一般都是还没有提交申请。下载完成后需要将软件安装在全英文路径下。序列可以从各个数据库进行下载，此步骤省略。2：解释说明，可不填。之后开始录入序列信息。

2025-10-05 19:02:51 296

原创利用pfam结构寻找同源基因

对于单个基因的同源基因查找，直接去网站blast就行，对于那种几十个甚至上百个成员的基因家族，那么此方法可用，但是最后找出来相关成员后，还是需要先进行进化树构建，查看一下结果中是否存在较远亲缘关系的成员，对于那些结果可以适当移除。4. 利用perl脚本找到对应蛋白序列的完整序列（阈值的设定不是固定的，可以通过拟南芥中已有的数据进行阈值测试，寻找一个最小值同时能把拟南芥中已知的成员尽全部囊括，之后再用该阈值到其他物种中进行操作）（也可以随便放，只不过到时候输入命令会需要输入文件的目录，这样不方便）

2025-07-01 19:26:16 877

原创开源版pymol安装

由于我自己的python版本是3.12.3，因此我这里选择的版本为cp312，我的系统是amd64，因此才选择了红色下划线的两个文件。讲下载好的文件放到个人的文件夹下，在cmd中进入该文件夹，依次执行下列指令。），主要下载两个开源软件，一个是主体的whl以及对应的launcher，在电脑中打开pymol的安装目录，找到启动图标就可以了。从github下载两个必须文件（仅记录安装过程，这个需要。打开cmd，安装依赖。

2025-04-17 16:03:13 1603

原创 Alphfold3预测蛋白点突结构并用pymol进行结构比对分析

研究蛋白功能的时候，常常会遇到一个点突就会导致蛋白功能的变化这种情况，除了使用常规的生化或遗传方式去研究以外，我们还可以用蛋白构象变化来进行补充说明。- **1.0 Å ≤ RMSD < 2.0 Å**：表示相似但有一定的结构差异，可以认为这些蛋白质在整体上仍保持相似的构象。- **2.0 Å ≤ RMSD < 4.0 Å**：通常被视为显著差异的结构，可能表明蛋白质的折叠或功能上存在明显变化。5. 最后，我们在把对应突变位点进行美化突出显示就完成了，这里的操作步骤就不进行展示了，可参考前面的文章。

2025-04-05 19:48:06 2411

原创 R语言绘制植物研究类相关图表---批量提取martix、csv、txt中的数据

某些分析过程中，我们需要对部分数据做一个预处理，例如，我只想要与某一个发育进程相关的基因集合的信息，那么我们需要利用关键词的检索，并预设提取的范围，将大量信息批量提取。这个过程中我遇到了几种类型的文件，接下来就是把如何提取的这些数据的步骤分享给大家。（也可以直接导入excel去查找。首先需要去查看一下目标文件中的格式以及一些基础信息，比如表头、基因号的格式是啥呀这些~，这里打开大型txt文件的话有专业的工具，我这里使用了glogg去查看。1. 从TXT文件中提取。

2025-03-29 19:35:44 213

原创 R语言绘制植物研究类相关图表——安装R、Rstudio和环境配置

win+R输入cmd，随后输入sysdm.pl打开系统属性界面，点击高级，进入环境变量设置。找到path，双击，新建并粘贴刚刚复制的文件路径，删除引号后确定。找到安装目录的bin文件，shift+鼠标右键，复制文件路径。重新打开cmd窗口，输入R，测试是否环境变量添加成功。首先准备两个东西，一个是R，一个是Rstudio。正版画图软件太贵了，盗版又不稳定，索性学一下R。*我默认放在C盘，因为怕后续出bug。下载安装好Rstudio之后。安装好R之后开始配置R环境。

2024-12-13 17:27:55 258

原创不间断更新--Zotero安装/插件配置/实操/文献插入/文献格式安装与替换

火狐，Edge，谷歌都可以安装，我这里用的火狐。安装完成后在插件拦将插件固定在栏目条上，一般这个插件的图标会有两种形态，如下图所示，一个是文档图标，一个是文件夹图标，我猜这是因为当前页面Zotero所识别的文件个数区别，文件大于1个就会显示为文件夹。4. 导入的文献我最关心的问题是，文献信息是否获取完全，检查后发现信息非常全面，甚至比web of science的亲儿子endnote还要全面，实在不明白为什么。1. 安装的方式推荐两个，一是直接在ubantu自己的应用中心进行安装，安装的时候可以选择版本。

2024-10-19 20:58:00 1055

原创 Alphafold3预测蛋白互作及查看互作位点

4. 导入数据进行分析，数据类型也可以是RNA或者DNA序列。分析的时间和你导入的序列大小相关，我尝试过转录因子和启动子的预测，由于序列较小，整个过程只需要不到10分钟。，这里需要进行账号注册，需要谷歌邮箱账号，只要科学上网后就可以申请账号。注：目前国内手机号可以用，所以注册过程很快。9. 经过修改处理后可以清晰看到预测互作位点，这时就可以结合文献资料进行互作结果的解读。7. 下载的数据里面，我们把cif文件用pymol打开并查看互作位点。8. pymol可以从官网下载。

2024-10-14 22:20:59 30493 12

原创植物类研究-R语言数据可视化#1-veen图绘制及数据提取

2. 确定文件的路径，因为后续的数据读入需要，这里可以用file.choose()来进行，输入命令后会手动选择文件，之后会输出具体文件路径。1. 将需要进行分析的文件转化为csv文件或txt文件。这里我使用的是txt文件格式，只需要将execl中的数据复制过来就行。背景：转录组数据得到之后想对差异表达基因进行veen分析。由于还要进行后续分析，因此还需要对交集的结果进行提取。新手记录，如有不足，请指出！3. 绘制veen图的完整代码如下。

2024-09-28 17:23:45 792

原创利用motifStack将homer结果可视化#2#更新-已解决

用法：只需要替换你的文件路径就行，然后就是原始的文件中，就是>后面的内容，需要手动修改一下，因为最终呈现出来的单个logo名字是按照这个来的。#为了解决pcm的格式问题，我看了motifStack的原文档，但是没找到。如果有大佬知道，还请告知，小弟给你跪一个。#于是想到是否可以将我们前面设置的矩阵文件导出成pcm呢？至于怎么美化，就按照喜好来就行。

2024-06-24 01:49:38 444

原创利用motifStack将homer结果可视化#1

这里目前四列的还没有命名，系统给出的默认命名时V1，V2，V3，V4所以，我们先给四列进行命名，分别是ACGT。由于需要把外部motif文件读入到程序中，因此我们首先要知道文件存在的路径，可以手敲，还有一种方便的方法来获取文件路径，file.choose()，运行这条命令后会弹出文件选择框，选择好文件后会列出文件的路径信息。由于我没有进行富集分析，所以最终输出的结果中也没有富集的结果，其中de nove的结果和knowmotif的结果分别在两个文件夹中，接下来的示例是用knowmotif的结果来展示。

2024-06-23 17:53:10 2044

qq_41708938的博客