bowtie2安装

最新推荐文章于 2024-09-06 17:48:56 发布
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$ wget http://downloads.sourceforge.net/project/bowtie-bio/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip?r=https%3A%2F%2Fsourceforge.net%2Fprojects%2Fbowtie-bio%2Ffiles%2Fbowtie2%2F2.2.9%2F&ts=1473729431&use_mirror=nchc


$ unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip


$ cd bowtie2-2.2.9


$ echo 'PATH=$PATH:/home/shuxue/soft/bowtie2-2.2.9/' >> ~/.bashrc


 $ source ~/.bashrc

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Bowtie2数据比对教程
BioinfoDu
01-09 3183
Bowtie2和Bwa是用于短reads的比对软件，bowtie2主要用于50-1000bp的reads进行比对，生产SAM文件。在做转录组数据分析前，会过RNA-seq数据中的tRNA等序列，常常使用bowtie2进行过滤。网址：https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；若我们的分享对你有用，希望您可以。若我们的分享对你有用，希望您可以。
生信技能树 linux下安装bowtie2和使用bowtie2进行初步比对
leianuo123的博客
08-12 6872
linux下安装软件 echo $PATH ##查看路径 echo $PATH|tr ":" "\n"|xargs ls -lh ls -lh /usr/bin 下载安装Bowtie2 首先在root下新建一个Biosoft的文件夹，切换目录到该文件夹 cd Biosoft 再在该文件夹下，新建一个Bwotie2的文件夹 mkdir Bowtie2 下载Bowtie2的网址 wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1
bowtie2-2.1.0-linux-x86_64.zip
01-05
RNA-seq分析软件,Bowtie是一个超快的，存储高效的短序列片段比对程序。它能够以每小时处理2500万35bp reads的速度，将短的DNA序列片段（reads）比对到人类基因组上。Bowtie对参考基因组编纂Burrows-Wheeler索引来保证它具有小型的存储印记（memory footprint）：典型的人类基因组需要2.2GB的存储索引（如果是paired-end测序的话则需要2.9GB）
Bowtie2安装与使用-bowtie2-2.5.2（bioinfomatics tools-011）
weixin_44874487的博客
03-10 6179
随着测序速率的增加，对读取比对器的吞吐量要求越来越高。全文分钟索引（full-text minute index）通常用于实现非常快速和内存高效的比对，但这种方法不适合查找较长的、有间隙的比对。Bowtie 2 结合了全文分钟索引的优势和硬件加速的动态规划算法的灵活性与速度，实现了高速度、高灵敏度和高准确性的结合。
linux下bowtie2安装
Gentlezzx的博客
11-29 7132
先把菠菜软件的压缩包下载下来： wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.4.4/bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip/download 想要其它版本也可以去官网看一下：http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml 然后解压： unzip bowtie2-2.4.4-linux-x86_64.zip 接下来设置环境变量： vim ~
KeyarchOS安装Bowtie2
09-06 205
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接id=12126。Bowtie2 是将测序reads与长参考序列比对工具，适用于将长度大约为50到100或1000字符的reads与相对较长的基因组（如哺乳动物）进行比对。
在KeyarchOS操作系统上安装运行Bowtie2(测序序列与参考序列比对)
KeyarchOS的博客
11-10 742
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息KOS服务器操作系统-服务器操作系统-浪潮信息。
Docker拉取bowtie2安装
最新发布
01-24
### 如何在Docker容器中拉取并安装Bowtie2 为了在Docker环境中使用Bowtie2，可以采用两种主要方法：一种是在现有的Docker镜像基础上构建新的含有Bowtie2的自定义镜像；另一种则是直接利用已经包含了Bowtie2在内的...
Bowtie2的安装与使用
weixin_30606461的博客
11-09 4119
Bowtie2的安装与使用 2017-06-15 18:58:52 342 0 0 Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的reads（less than 1024 base) 与 较大的参考（基因组） 时效果更好，也更快。 许多其他的软件经常会调用Bowtie ...
conda安装bowtie2的报错:undefined symbol
xuzhougeng blog
03-23 4828
使用conda安装bowtie2遇到undefined symbol报错 /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s: symbol lookup error: /public/home/xuzhougeng/miniconda3/envs/bsseq/bin/bowtie2-build-s/public/ho...
bowtie2-master
03-16
bowtie2-master.zip
bowtie2比对工具
03-25
序列map工具 支持空位匹配 再bowtie的基础上的升级版
bowtie程序linux下载,bowtie2-2.1.0-linux-x86_64 短序列比对软件 - 下载 - 搜珍网
weixin_39884373的博客
05-11 289
bowtie2-2.1.0/bowtie2-2.1.0/scripts/bowtie2-2.1.0/scripts/make_a_thaliana_tair.shbowtie2-2.1.0/scripts/make_b_taurus_UMD3.shbowtie2-2.1.0/scripts/make_canFam2.shbowtie2-2.1.0/scripts/make_c_elegans.sh...
在Centos中安装下载bowtie2
qq_65128411的博客
01-23 812
bowtie2的下载与安装
转录组分析相关软件下载与安装bowtie2/tophat2/cufflinks/HTseq/samtools/Trimmomatic/fastqc
weixin_58071895的博客
07-06 848
转录组分析相关软件下载与安装bowtie2/tophat2/cufflinks/HTseq/samtools/Trimmomatic/fastqc
Bowtie下载安装
wangprince2017
11-04 4413
$ wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.9/bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip/download $ unzip bowtie2-2.2.9-linux-x86_64.zip $ cd bowtie2-2.2.9 $ make $ ./bowtie Bowtie的简单比...
conda安装
zjq1322400760的博客
03-14 1945
conda安装
LCWGS(6)在Linux服务器上安装Bowtie2
Junbo_Just_Jia的博客
04-28 1729
Bowtie2是一种用于将序列读段与长参考序列进行比对的超快且内存高效的工具。它特别擅长对齐大约50到100或1000个字符的读段，并且特别擅长对齐相对较长的（如哺乳动物）基因组。Bowtie2用FM索引对基因组进行索引，以保持其占用的内存空间较小：对于人类基因组，其占用的内存通常在3.2 GB左右。Bowtie2支持有间隙、局部和成对末端对齐模式。下面介绍如何在Linux服务器上安装Bowtie2。
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