转录组分析相关软件下载与安装bowtie2/tophat2/cufflinks/HTseq/samtools/Trimmomatic/fastqc

写在前面：
Linux下非root用户如何安装软件，参考 https://www.cnblogs.com/jiading/p/12055862.html
bowtie2
tophat2
cufflinks
HTseq
samtools
Trimmomatic
fastqc （前面已介绍）

下载

下载二进制包
bowtie2
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/index.shtml
tophat2
http://ccb.jhu.edu/software/tophat/index.shtml
cufflinks
http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/install/
HTseq
http://www-huber.embl.de/HTSeq/doc/overview.html
samtools
https://github.com/samtools/samtools
Trimmomatic
https://github.com/timflutre/trimmomatic

以bowtie2下载为例

wget -b -c -O bowtie2-2.5.1-linux-x86_64.zip [网址] &
## -O 输出文件重命名
## &  后台下载

HTseq下载(除这个包外，其包都通过wget下载二进制包进行安装）

pip install HTseq

安装

bowtie2

unzip +压缩包路径 ##解压

tophat2

tar -zxvf xxx.tar.gz ##解压

cufflinks

tar -zxvf xxx.tar.gz ##解压

HTseq

pip install HTseq

samtools

tar jxvf +压缩包路径 ##解压
cd samtools的安装目录
make ##

Trimmomatic

unzip +压缩包路径 ##解压
java -jar trimmomatic-0.39.jar ##运行

操作参考

环境变量配置

用文本编辑器打开用户目录下的.bash_profile文件（.bashrc也可以）
加入以下内容

export PATH=$PATH:/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/Trimmomatic-0.39
export PATH=/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/bowtie2-2.5.1-linux-x86_64:$PATH
export PATH=/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64:$PATH
export PATH=/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/FastQC:$PATH
export PATH=/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/samtools-1.17:$PATH
export PATH=/data/shpcv2_kvce3/test20230506/linuxsoft/tophat-2.1.1.Linux_x86_64:$PATH

配置好后，运行：

source ./bash_profile

后面就可以调用以上软件进行分析