Bowtie2的安装与使用

Bowtie2的安装与使用

 2017-06-15 18:58:52     342     0     0

Bowtie2用来快速比对短reads(50-100bp)与参考基因组，与常规的比对软件不同的是（如blast），Bowtie在比对比较短的reads（less than 1024 base) 与 较大的参考（基因组） 时效果更好，也更快。

许多其他的软件经常会调用Bowtie ，如常见的 TopHat ， Cufflinks 等

 

1.   Read:      GACTGGGCGATCTCGACTTCG
2.              |||||  |||||||||| |||
3.   Reference: GACTG--CGATCTCGACATCG

与Bowtie1的区别

1. For reads longer than about 50 bp Bowtie 2 is generally faster, more sensitive, and uses less memory than Bowtie 1. For relatively short reads (e.g.