脑影像分析软件推荐 | rsHRF：用于静息态HRF解卷积和连接性分析的工具包

目录

1.软件界面

2.工具包功能简介

3.软件安装注意事项

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1.软件界面

2.工具包功能简介

rsHRF（resting state HRF）是一个基于Matlab/Python的跨平台软件工具箱，用于计算、显示和分析静息态血氧水平依赖（BOLD）信号中的血氧响应函数（HRF）。该工具箱旨在从静息态血氧信号中检索触发血流动力学响应的伪事件起始点。它基于点过程理论，通过拟合模型来检索事件和HRF起始点之间的最佳延迟以及HRF形状，使用基函数集。

NBS-Predict工具包提供了以下主要功能：

1. 1. HRF估计：从静息态BOLD信号中估计个体的HRF，可以理解脑激活和连接性分析中的时间先后关系。

2. 2. HRF解卷积：从时间序列数据中解卷积HRF，以改善连接性估计和降低伪影。

3. 3. 统计分析工具：提供统计分析工具，帮助用户评估HRF参数的显著性和变异性。

4. 4. 数据可视化：提供HRF形状参数和解卷积结果的可视化工具，以便更好地理解和解释数据。

跨平台支持：支持MATLAB和Python两种编程语言，使其可以在不同的操作系统上使用。

3.软件安装注意事项

1. 下载与部署：rsHRF和示例数据可在以下两个链接下获取（https://github.com/compneuro-da/rsHRF和www.nitrc.projects/rshrf），复制或提取整个文件夹“rsHRF”到SPM工具箱目录中。文件夹“spm/toolbox/rsHRF”现在应该包含所有的 .m文件、文件“matlabbatch job”（SPM插件）以及一个名为“demo-code”的子文件夹，其中包含演示代码（MATLAB独立）。这些操作后，我们可以通过GUI上的工具箱按钮直接从SPM用户界面启动程序。

2. 通过SPM的GUI启动：点击toolbox，然后从下拉菜单中选择“rsHRF”或者点击“Batch”，之后按照“SPM -> Tools -> rsHRF”的顺序点击。

3. 通过命令行启动：请确保 .m文件的目录包含在MATLAB搜索路径中。然后在MATLAB提示符中输入“rsHRF”、“rsHRF conn”或“rsHRF(‘conn’)”。

4. 版本适配：最新版本的rsHRF是在MATLAB R2018a上的Windows 10系统下开发的。演示代码已在MATLAB R2016a+上进行了测试。rsHRF SPM插件需要SPM工具箱。

参考文献：

Wu, G.-R., Van Den Bossche, S., Colenbier, N., & Marinazzo, D. (2021). rsHRF: A toolbox for resting-state HRF estimation and deconvolution. NeuroImage, 118591. https://doi.org/10.1016/j.neuroimage.2021.118591