脑影像分析软件推荐 | WFU PickAtlas：基于图谱的脑区ROI生成工具

目录

1.软件界面

2.工具包功能简介

3.软件安装注意事项

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1.软件界面

2.工具包功能简介

WFU PickAtlas 是一个基于Talairach Daemon数据库的软件包，它提供了一种生成基于脑图谱的感兴趣区域（ROI）掩膜（mask）的方法。这个软件包包括了多种图谱，如Brodmann区、叶区、半球、解剖标签（脑回解剖）和组织类型，用于神经影像学研究中基于图谱的ROI分析。

1. 生成基于图谱的ROI掩膜：利用Talairach Daemon数据库以及其他人类和非人类动物图谱来生成感兴趣区域（ROI）掩膜（mask）。

2. 探索分析结果：此软件包允许用户探索和分析神经影像数据的结果。

3. 图谱扩展：图谱已扩展到MNI空间的顶点，并可添加额外的图谱。

4. 用户界面：软件包具有图形用户界面（GUI），方便用户选择和操作图谱区域。

5. 掩膜（mask）生成：支持基本模式和高级模式下的掩膜（mask）生成。

6. 坐标转换器：提供显示、MNI和Talairach坐标系统之间的转换。

7. 掩膜（mask）膨胀：可选的形态学膨胀操作，以增加掩膜（mask）区域的体积。

8. 形状定义：允许用户自定义球体或盒子形状，并生成相应的掩膜（mask）。

9. 表格生成：将选定的ROI应用于图像（或图像列表）并创建包含基本统计数据的文本文件。

10. 命令行：此软件包可以通过MATLAB命令行调用。

11. ROI分析：在SPM中执行基于图谱的ROI分析。

12. 结果查看器：允许用户在SPM内外使用SPM推理引擎进行ROI分析、阈值处理和数据查看。

13. 技术说明：包括与SPM的集成、图谱修改和访问图谱的详细信息。

3.软件安装注意事项

1. WFU PickAtlas运行环境要求：

MATLAB（最低版本2008a）

SPM（wfu_pickatlas和wfu_results软件包可以在SPM之外运行。所有软件包均与SPM8兼容）

Linux（此软件包已在Linux平台上进行评估）

Windows（最小分辨率要求在12801024，否则按钮显示可能不全）

2. 程序下载

WFU_PickAtlas软件包可以在www.ansir.wfubmc.edu上获取。

在一个临时位置中解压缩和解压缩文件（win：.zip后缀；Linux：tar.gz）。

将wfu_pickatlas、wfu_results和wfu_tbx_common目录复制到SPM安装的软件包目录中。

注意：如果要使用WINZIP解压发行版的tar文件版本，则必须关闭“tar文件智能CR/LF转换选项”（Tar file smart CR/LF conversion option）（可在选项（Options）、配置（Configuration）、杂项（Miscellaneous）、其他（Other）中找到）。如果未关闭此选项的关闭，wfu_pickatlas.fig将损坏，程序将不会启动。

这将在SPM软件包目录中创建几个名为wfu_pickatlas、wfu_results和wfu_tbx_common的子目录。当从SPM软件包下拉菜单中运行时，适当的软件包路径将自动被预先添加到当前的MATLAB路径上。

如果需要从命令行运行，而不事先从SPM软件包下拉列表中访问程序，需要设置MATLAB路径，以直接访问wfu_pickatlas目录：“addpath(SPM_path/toolbox/wfu_pickatlas);”（包括子文件夹）

如果软件安装正确，应该可以从MATLAB命令提示符中调用图形用户界面（GUI）：

3. 通过MATLAB命令行启动程序（不通过SPM）

命令行键入“wfu_pickatlas”启动软件包。

参考文献：

1. Maldjian JA, Laurienti PJ, Burdette JH. Precentral gyrus discrepancy in electronic versions of the Talairach atlas. NeuroImage2004;21:450-455

2. Maldjian JA, Laurienti PJ, Kraft RA, Burdette JH. An automated method for neuroanatomic and cytoarchitectonic atlas-based interrogation of fMRI data sets. Neuroimage2003;19:1233-1239

3. Lancaster JL, Summerln JL, Rainey L, Freitas CS, Fox PT. The Talairach Daemon, a database server for Talairach Atlas Labels. NeuroImage 1997;5:S633

4. Lancaster JL, Woldorff MG, Parsons LM, et al. Automated Talairach atlas labels for functional brain mapping. Hum Brain Mapp 2000;10:120-131

5. Tzourio-Mazoyer N, Landeau B, Papathanassiou D, et al. Automated anatomical labeling of activations in SPM using a macroscopic anatomical parcellation of the MNI MRI single-subject brain. Neuroimage 2002;15:273-289

6. Duncan J, Seitz RJ, Kolodny J, et al. A neural basis for general intelligence. Science2000;289:457-460