目录
1.软件界面
2.工具包功能简介
PreSurgMapp是一个开源的MATLAB工具箱,用于自动化和个性化的术前功能区域映射,支持多模态fMRI数据处理,并集成了模型基础和数据驱动的分析方法。
PreSurgMapp工具包提供了以下主要功能:
1. 多模态fMRI数据处理:支持任务相关和静息状态功能磁共振成像(fMRI)数据的处理。
2. 模型基础和数据驱动方法:结合模型基础方法(如一般线性模型GLM和种子相关性分析)和数据驱动方法(如独立成分分析ICA)。
3. 用户友好的图形用户界面(GUI):设计有用户友好的GUI,实现节省时间的流程处理。
4. 自动化和半自动化流程:大多数程序都是自动或半自动的,减少人为干预。
5. 功能区域识别:能够自动识别感觉运动和语言相关组件,无需人为输入干预。
6. 可调节的平滑水平(FWHM-平滑核):用户可以通过GUI调整平滑水平,以优化数据处理。
7. 多种ICA分析:提供三种个体水平的ICA分析选项,包括传统ICA和带有DICI(Discriminability Index-based Component Identification,一种基于可辨识性指数的独立成分分析(ICA)结果的自动组件识别方法)的ICA,后者可以自动优化组件数量和识别感兴趣的组件(COI-Component of Interest)。
8. 基于模板的自动组件识别:利用基于模板匹配的自动组件识别方法(DICI),提高了识别的准确性和一致性。
9. 参数模板:提供参数模板,简化了不同成像中心的参数设置。
10. 灵活的处理步骤:用户可以自由跳过或组合不同的处理步骤,以适应不同的分析需求。
11. 结果评估和比较:生成的结果可以由神经放射科医生或神经外科医生进一步评估和比较。
12. 任务激活分析:提供基于GLM的任务激活分析,适用于事件相关或块设计任务(Block Design Task)fMRI。
3.软件安装注意事项
1. PreSurgMapp需要以下软件和工具箱才能正常运行:
没有显式的指定MATLAB的具体版本
只需要像SPM一样将路径添加到MATLAB。
在 MATLAB 命令窗口中输入 “PreSurgMapp” (不包括引号)。
参考文献:
Huang, H., Ding, Z., Mao, D., Yuan, J., Zhu, F., Chen, S., Xu, Y., Lou, L., Feng, X., Qi, L., Qiu, W., Zhang, H., & Zang, Y. (2016). PreSurgMapp: a MATLAB Toolbox for Presurgical Mapping of Eloquent Functional Areas Based on Task-Related and Resting-State Functional MRI. Neuroinformatics, 14(4), 421–438.