课前准备-单细胞新版velocity（cellrank 2）

最新推荐文章于 2025-07-31 16:11:39 发布
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文章标签： 单细胞 空间 数据分析 数据库 velocyto
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作者，Evil Genius

参考文章CellRank 2: unified fate mapping in multiview single-cell data(nature methods)，2024年6月。

官网示例在cellrank documentation

分析框架


CellRank 2为使用马尔可夫链研究单细胞命运决策提供了统一的框架

  • 自动确定初始和最终状态，计算命运概率，绘制轨迹特异性基因表达趋势图表，并识别谱系相关基因
  • 采用概率系统描述，其中每个细胞构成马尔可夫链中的一个状态，边缘表示细胞-细胞转移概率
  • CellRank 2提供了一组基于基因表达、RNA速率、伪时间、发育潜力、实验时间点和代谢标记数据的转换概率的不同kernels 。
  • 引入了一种random walk-based的可视化方案

CellRank’s Key Applications

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是单个细胞状态的有力指标。单细胞 RNA 测序可以以高定量精度、灵敏度和通量揭示 RNA 丰度。然而，这种方法，这对分析胚胎发生或组织再生等时间分辨现象提出了挑战。在这里，我们表明，RNA 速度（RNA velocity）（）可以通过。RNA 速度是一种高维向量，可以预测单个细胞在数小时的时间尺度上的未来状态。我们验证了其在神经嵴谱系中的准确性，展示了其在多个已发表的数据集和技术平台上的使用，揭示了发育中的小鼠海马体的分支谱系树，并检查了人类胚胎大脑中的转录动力学。我们预计，特别是在人类中。
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