IDT gblock synthetic fragments

最新推荐文章于 2024-08-09 11:01:03 发布
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#IDT #gblock #synthetic #fragments

gBlocks基因片段是125-3000BP的双链DNA标准，适用于基因构建、抗体研究和CRISPR编辑。新推出的gBlocksHiFi片段针对大构建体组装优化，提供更高保真度和纯度，减少错误率。这些片段兼容多种克隆方法，可用于快速推进项目。此外，基因片段文库适合抗体和蛋白质工程，允许大规模构建体生成。

gBlocks基因片段是长度为125–3000 BP的双链DNA片段。它们是双链基因片段的行业标准，设计用于负担得起且简单的基因构建或修饰、抗体研究和CRISPR介导的基因组编辑等应用、qPCR标准等。

新的gBlocks HiFi基因片段(长度为1000-3000 BP)针对大型构建体的组装进行了优化。挑选更少的菌落，用这些高纯度的碎片来推动你的项目更快地完成。

  • 基因组装的高保真度和纯度
  • 兼容所有下游克隆方法
  • 无需移除额外序列即可使用

 

最低0.47元/天 解锁文章
（11）Orthofinder同源比对&建树
weixin_44562189的博客
06-19 6244
如 OrthoFinder 自带案例（ExampleData）中总共包含 2733 个基因，MCL 将 2202 个基因划分为 604 个 orthogroups（gene_num > 2），剩余 531 个基因为离散点（每个基因独立成组）。SpeciesTree_Gene_Duplications_0.5_Support.txt：记录了物种树每个节点、分枝上包含的基因复制事件的总和，格式为节点或物种名 + 数字（基因复制事件数量）。输出文件 N0.tsv，N1.txt，N2.tsv，…
（13）共线性比对相关（感谢zyr师姐大大！！！）
weixin_44562189的博客
09-08 1885
输入文件：1）待比对的全基因组文件(屏蔽了重复序列的)2）参考物种的gff格式文件（gene transfer format）,用来对基因组进行注释#一定要注意！基因组文件里面的scaffold和gff3的命名要一致，这样才能切基因，做下游！！！####再次注意！！！做基因预测的时候字符不能大于16，所以还是拿scaffold_XX，去预测，然后注意基因组文件和gff3的对应！！！后期有空再出师姐的代码解读工作。
CRISPR 相关学习
Asa12138的博客
08-09 2710
CRISPR-Cas 系统的一些基础知识和宏基因组相关研究进展。
Gblocks命令行
weixin_30908941的博客
08-26 1230
1 使用默认的设置： 2 3 $ Gblocks proteins.fasta -t=p 4 5 必须是 fasta 文件在前，参数在后。若没有参数，则进入交互式界面。 6 7 8 Gblocks cds.fasta −t=c −b1=“$b1” −b2=“$b1” −b3=1 −b4=6 −b5=h 9 10 11 ########...
iMeta | 兰大张东等使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-06 7285
点击蓝字 关注我们使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析iMeta主页：http://www.imeta.science方 法●原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.87● 2023年2月16日，兰州大学张东团队在iMeta在线发表了题为“Using PhyloSuite for molecular phylogeny and ...
Synthetic_Chinese_String_Dataset 中文识别数据集
06-27
《Synthetic_Chinese_String_Dataset：中文识别数据集详解》 在计算机视觉和自然语言处理领域，数据集是训练和评估模型的关键要素。Synthetic_Chinese_String_Dataset 是一个专门针对中文字符识别的大型数据集，它...
浅谈Java编程中的synthetic关键字
08-29
浅谈Java编程中的synthetic关键字 synthetic关键字是Java编程中的一种特殊关键字，用于标记Java虚拟机（JVM）生成的类成员，而不是在源代码中显式定义的。这些类成员包括字段和方法，它们是JVM为了实现某些语言特性...
SAR.rar_synthetic_synthetic aperture
09-14
合成孔径雷达（Synthetic Aperture Radar，简称SAR）是一种利用雷达技术获取高分辨率地面图像的方法。在“SAR.rar_synthetic_synthetic_aperture”这个压缩包中，可能包含了与合成孔径雷达相关的代码、算法或者数据...
精选资源
Synthetic_Signal.rar_synthetic_初至检测_地震信号_地震模型_微地震信号
07-14
标题中的"Synthetic_Signal.rar"和描述暗示了这是一个关于模拟地震信号及其初至检测的资料包，其中可能包含了用于生成和分析微地震信号的模型和程序。 首先，"synthetic"指的是合成信号，这通常是指通过计算机算法...
IDT公司CRISPR基因编辑技术解决方案
Bio12345的博客
11-19 1737
美国Integrated DNA Technologies公司（简称IDT），总部位于美国爱荷华州科勒尔维尔，成立于 1987年，是基因组学领域开发的领先者，也是公认的定制核酸生产行业的领导者。 IDT 凭借在 DNA 合成领域的领导能力，为基因组学应用开发了专有技术，例如下一代测序、CRISPR 基因组编辑、合成生物学、数字 PCR 和 RNA 干扰。通过 GMP 服务，IDT的产品被科学家用于研究多种癌症以及大多数遗传性和传染性疾病。 IDT为100多个国家和地区的超过120,000名生命科学.
GAMIT_GBLOCK软件处理手册
12-26
本书不仅讲述了GAMIT/GLOBK软件所采用的基本数学模型，还对该软件的安装、调试、数据处理步骤以及具体参数设置也做了详细说明，适用于利用该软件进行科学研究、空间大地网数据处理的有关人员。
生物信息软件安装（不定时更新）
david10251025的博客
12-24 2275
(以本地电脑wsl子系统的unbantu为例) 软件安装 anaconda安装与配置 下载Anaconda 2.7 for Linux https://www.anaconda.com/download/ 在下载目录下输入 bash Anaconda2-2.2.1-Linux-x86_64.sh #安装Anaconda 点yes往下后，输入查看是否安装成功 python -...
中国大学MOOC动物遗传学试题及答案
a16670485843的博客
08-11 1977
选择题（搜题答案解析在优题宝） 1.染色质的基本结构单位是( )。 A.核小体 B.螺线管 C.超螺线管 D.染色体 2.在DNA复制过程中，保护单链模板免遭侵害的物质是()。 A.引发酶 B. DNA 连接酶 C. DNA 聚合酶 D.单链结合蛋白 3.公鸡的性染色体构型是( )。 A. XY B. XX C. ZZ D. ZW 4.下列群体中，处于哈代-温伯格平衡的是( )。 A. 50AA， 2Aa, 48aa B.49AA， 42Aa， 9aa C.100AA，
进化树构建的方法原理及检验
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Cccrush的博客
05-30 4万+
进化树的构建 （1）数据准备 目前，构建生命之树常用的数据包括形态数据和分子数据。 形态数据主要通过对形态性状编码来获取； 分子数据主要通过公共数据库GeBank下载或实验获取。选择合适的DNA片段对系统发育关系重建至关重要。如果所选基因的进化速率太慢，提供的系统发育信息不足, 系统发育关系可能得不到很好的解决；如果所选基因的进化速率太快，正确的系统发育信息常常会被大量的非同源相似信号淹没...
datagridview 排序后 选择不变_构建进化树---保守序列的选择
weixin_39771614的博客
11-01 416
一、什么是保守序列保守序列（Conserved Sequence ）：指DNA分子中的一个核苷酸片段或者蛋白质中的氨基酸片段，它们在进化过程中基本保持不变。摘自百度百科。二、构建进化树过程中，为什么选择保守序列在系统发育分析中需要构建系统发育树说明物种之间的进化关系，系统发育树的构建基于不同物种间的同源序列（同源序列是一段核苷酸序列），当不同物种间同源序列保守性较好时，此时，同源序列适合系统树的构...
SQLite 的简单使用（以Navicat为例）
yanggangclcsdn的博客
03-31 2万+
一、简介 iOS中的数据存储方式: - Plist（NSArray\NSDictionary） - Preference（偏好设置\NSUserDefaults） - NSCoding（NSKeyedArchiver\NSkeyedUnarchiver） - SQLite3 - Core Data其他保存数据的方式如 Plist,归档,偏好设置 有一定的弊端: - 不能操作大量的数据:
基于飞桨PaddlePaddle实现BigGAN生成动漫图像——为艺术创作赋能
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12-01 3436
作为学力不足、码力有余的深度学习业余玩家，笔者在工作中忙里偷闲，借助AI Studio的免费GPU继续自己对于生成对抗网络落地应用的相关研究。尽管深度学习已在工业生成中广泛应用，但作为研究重头的视觉效果极佳的GAN的图像生成，却在应用中遇到了瓶颈。适逢AI Studio组织GAN相关的复现课程，笔者投入其中获取到了BigGAN模型结构的搭建方法，在膜拜于BigGAN强大的视觉表现效果时，开始踏上将国外独立研究者预训练的动漫BigGAN转换到PaddlePaddle中进行更深入探索的道路。因为Paddle..
[OC学习笔记]Blocks
weixin_52192405的博客
03-17 2095
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关于CRISPR基因编辑防脱靶、高效编辑的一种方法学评估
Bio12345的博客
02-25 3736
CRISPR是ClusteredRegularlyInterspacedShortPalindromicRepeats的缩写，中文意思为规律间隔成簇短回文重复序列。 在自然界中，CRISPR在细菌的免疫系统中起到非常重要的作用。当病毒入侵细菌时，细菌中的分子机制会将病毒的部分序列插入到CRISPR位点中。当病毒再次入侵时，CRISPR位点会进行转录和加工。加工后的CRISPR RNA会与Cas蛋白形成核糖核蛋白复合物，对病毒的基因组进行“扫描”。当发现与CRISPR RNA互补配对的片段后便...
Synthetic
最新发布
03-25
### Synthetic 的定义与用法 在编程和信息技术领域，“synthetic”通常指人工创建或模拟的事物，而非自然产生的。它可能用于描述通过程序生成的数据、对象或其他实体。例如，在数据科学中，“synthetic data”指的是由算法生成的数据集，这些数据并非来自真实世界观察，而是为了测试模型性能或保护隐私而设计的[^1]。 #### 合成数据的应用场景 合成数据广泛应用于机器学习中的训练阶段。当实际收集到的真实数据不足或者涉及敏感信息时，可以利用合成技术生成替代品来满足需求。此外，在软件开发过程中也可能遇到“synthetic events”，即开发者手动触发而不是用户操作引起的事件处理机制[^2]。 ```python import numpy as np def generate_synthetic_data(num_samples=100, num_features=5): """Generate synthetic dataset.""" X = np.random.rand(num_samples, num_features) y = (X.sum(axis=1) > 2).astype(int) # Simple binary classification task. return X, y # Example usage: if __name__ == "__main__": features, labels = generate_synthetic_data() print(f"Features shape: {features.shape}, Labels shape: {labels.shape}") ``` 上述代码展示了如何使用Python和NumPy库生成一组简单的二分类问题所需的特征矩阵及其对应的标签向量作为演示用途之一[^3]。
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