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RSS订阅原创 功能基因探索：木质纤维素（lignocellulose）降解
木质纤维素（lignocellulose）是一种由纤维素（cellulose）、半纤维素（hemicellulose）、果胶（pectin）和木质素（lignin）等聚合物组成的复合物，生物体通过多种方式降解木质纤维素。
2025-03-20 11:04:26
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原创 容器（Docker & Singularity）使用入门
Docker和Singularity作为两种主流的容器解决方案，在生信领域得到了广泛应用。
2025-03-10 11:37:53
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原创 BGC Atlas助力宏基因组中生物合成基因簇的发现与分析
BGC Atlas从公开数据集中识别并聚类BGCs，为探索和分析宏基因组中的BGC多样性提供了便捷的工具。
2025-02-26 23:32:24
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原创 宏基因组分箱（binning）｜3. BASALT优化binning流程
这篇文章将介绍一个较新的binning流程：BASALT及其具体使用方法。
2025-02-18 16:12:37
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原创 使用Kraken进行16S/ITS物种注释（超快）
Qiime2物种注释可真慢呀😂，赶紧找了Kraken的替代方法，Kraken用于16S是现成的。但是ITS的Unite数据库需要自己构建，自己折腾了一下解决了。
2025-01-15 00:10:52
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原创 生物合成基因簇家族（GCF）数据库 BiG-FAM
通过将从当前可用的基因组和 MAG 中识别的大规模全球 BGC 集合作为数据源，BiG-FAM 提供了可探索的微生物次生代谢多样性“图集”，以浏览和搜索跨类群的生物合成多样性。
2025-01-08 13:34:04
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原创 扩增子(Amplicon)数据分析流程|Qiime2
扩增子（Amplicon）分析是研究微生物群落组成与功能的核心方法之一，这里学习并搭建一下自己用的比较舒服的流程。
2025-01-06 23:31:22
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原创 iPhylo 生成并绘制优美的分类树（物种+化学）
iPhylo 是一个免费的用于生成，注释和可视化分类树的在线网站，可以绘制物种，化合物和其他层级结构的各种树图并方便地添加复杂注释信息。
2025-01-02 17:42:55
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原创 巨型病毒(Giant virus)生物学和多样性研究
巨型病毒的发现是生物学上最引人注目的突破之一，其衣壳与某些细菌一样大，具有Mbp范围的基因组和通常仅在细胞生物中发现的各种特征。
2024-12-02 15:03:16
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原创 微生物学名-中文名称转换（可批量）
对于微生物研究，虽然平时我们用的都是正式的拉丁学名，但有时我们还是需要查阅一些相关生物的正式中文名称（有时候还需要大批量的转换），方便做中文的展示或者写中文论文使用。
2024-11-20 22:46:34
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原创 一些有趣的绘图R包
R语言是平时统计分析，科研绘图的利器，除了很多非常严肃标准的可视化外，还经常可以看到一些非常有趣的绘图R包，不得不佩服开发者们的创意。
2024-10-13 13:37:10
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原创 使用InStrain进行宏基因组群体分析
InStrain是一个用于微生物群体分析的软件包，它可以从微生物群体中提取遗传多样性，并对其进行可视化。本文介绍了InStrain的安装和使用方法，如何使用InStrain进行宏基因组群体分析。
2024-09-04 21:36:12
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原创 浙江大学蒋超实验室在JHM发文揭示日常使用量的一次性纸杯释放的微塑料或可能影响孕期健康
实验室通过热水冲泡一次性纸杯释放的微塑料研究，系统揭示了日常生活中真实来源的孕期微塑料暴露，对生殖和代谢性能的影响和调控机制。
2024-08-21 17:56:32
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原创 使用PhaGCN2/vConTACT2进行病毒分类注释
病毒的分类注释一直是个难题，PhaGCN2/vConTACT2基于病毒基因组间共享的蛋白质簇（PCs）构建的基因共享网络来进行分类注释，这里简要介绍一下用法。
2024-08-21 17:56:13
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原创 使用Orthofinder进行系统发育直系同源推断
OrthoFinder是一款用于系统发育直系同源推断的软件，本文将简单介绍OrthoFinder的安装和使用方法。
2024-08-15 21:59:55
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原创 Anti-CRISPR 相关内容学习
细菌和古菌等微生物与病毒(噬菌体)之间的生存之战是一场“军备竞赛”。噬菌体进化出特异性的anti-CRISPR来抵抗CRISPR-Cas系统的免疫。
2024-08-09 11:01:40
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原创 从宏基因组构建基因组规模代谢模型（GEM）
基因组规模代谢模型（GEM）是通过整合基因组数据、代谢途径和生化反应信息，模拟和分析生物体代谢网络的一种强大工具，这里简单介绍一下。
2024-07-29 11:21:46
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原创 从宏基因组量化细菌生长动态
了解细菌在各种环境中的生长动态对于各类研究都很重要，本文主要介绍从宏基因组数据推断细菌生长速率的方法和简要应用。
2024-07-29 11:21:30
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原创 METABOLIC：微生物基因组群落规模功能网络分析
METABOLIC是一款基于微生物群的生物化学分析软件，能够预测任何给定基因组数据集的代谢和生物地球化学功能性状特征。
2024-07-24 16:11:30
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原创 R绘制Venn图及其变换
我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下绘制Venn图及其变换，如Euler图，花瓣图，Upset图，Venn网络图等。
2024-07-16 21:27:21
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原创 R绘制降维图及其变换（PCA/RDA/t-SNE...）
Ordination analysis（排序分析）是生态学和统计学领域中用于分析和解释多变量数据的方法之一。这个方法通常被用于探索和可视化生态学或生物学数据中的pattern，尤其是在物种组成和环境因素之间的关系方面。
2024-07-16 20:08:03
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原创 R展示层级数据（桑基/旭日/珠包/Treemap图等）
我将常用的各种函数整成了一个包：pcutils，包含各种绘图方法，这里介绍一下用于层级数据展示的一些图，如树图，桑基图，旭日图，包珠图，Treemap等。
2024-07-10 23:24:11
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原创 VirRep: 人类肠道微生物组识别病毒新方法
VirRep是最近发表在Genome Biology伤的一种人类肠道微生物组识别病毒新方法，能够整合基因组语义信息和序列同源性表征DNA序列，从而更精准地识别人类肠道环境中的病毒基因组。
2024-07-10 23:16:18
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