【生信】使用VSEARCH处理双端测序数据

使用VSEARCH处理双端测序数据

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        一般情况下，我们从ENA获取的数据为双端测序数据，而且已经去除了引入，那么如何从测序数据获得丰度数据呢？可以使用的软件有VSEARCH、USEARCH以及QIIME等。本文以VSEARCH为例，从输入双端测序序列到最终OTU表的生成。

#!/bin/bash
### 使用VSEARCH处理双端测序数据
### 目标是得到OTU表和注释信息 

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# 目录					#	
# data/:双端测序数据：如PRJEB9708	#
# database/:参考数据库                  #
# temp/:临时文件			#
# res/:最终结果				#
# err/:错误信息				#
# log/:日志				#
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# 文件说明
# SequenceDataProcess_byVSEARCH.sh :分析主流程（shell脚本）
# rdp_16s_v16.fa ：16s数据库                       
# data/*/*.fastq.gz : 压缩的原始测序数据                      
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# 定义路径
HOME=$HOME/Lab_2
data=$HOME/data
refdb=$HOME/database