生信侠女修修安-优快云博客

原创【双端测序有参转录组数据上游完整软件代码、参数及输出结果】

qc为输入文件夹 -o输出指令，multiqc为输出文件夹名称，-n zz为生成报告的前缀名称。*fq.gz是文件后缀名，-o输出指令，qc为输出文件夹名称 -t为线程数。在进行代码之前，确保软件安装，环境和目录都是对的情况下。fastqc和multiqc软件。fastqc和multiqc软件。

2023-12-13 14:35:35 1687 1

原创【定量工具-featureCounts安装及使用】零基础看懂运行代码，报错大赏Q&A

接上文：STAR比hisat2更好；hisat2快一些得花几个小时。

2023-12-12 00:23:27 5968

原创【数据比对hisat2和samtools】零基础看懂运行代码、报错Q&A—结尾有彩蛋

p #多线程数 -x #参考基因组索引文件目录和前缀 -1 #双端测序中一端测序文件 -2 #同上 -S #输出的sam文件；1、进入minhe环境，cd命令进入 ~./miniconda3/pkgs(我的这个项目数据清洗所需软件的默认环境和安装位置，安装位置可以理解为软件的工作路径）所以mRNA反转的cDNA如果比对不到参考序列，会被分开，重新比对一次，判断中间是否有内含子。2、寻找新的可变剪切isoform，RNA的可变剪切，需要看外显子差异，用TopHat, HISAT2或STAR找剪切位点。

2023-12-06 13:17:10 1620 1

原创【trim_galore之后的multiqc报告中部分结果还是不理想】

的运行路径/home/data/t210451/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic-0.39-2/adapters。找到啦：/home/data/t210451/miniconda3/pkgs/trimmomatic-0.39-hdfd78af_2/share/trimmomatic-0.39-2/adapters。/adaptersy有问题，应该是安装路径share下的，cd和ls确认下；#重新查看html文件。

2023-12-05 15:53:45 1477 1

原创【一次性看懂 trim_galore软件的运行代码】

##Q：下面报错：可能内存不够，网络不稳定，文件损坏；#有个问题：conda install -c grst trim_galore；#进入默认的安装包位置（~./miniconda3/pkgs），ls -a打开，发现trim_galore文件夹和压缩包。#ls查看当前文件夹下是否安装吃成功trim_galore --version，没有显示，解压之后仍然提示没有安装成功。####Q：报错安装不成功或者安装成功但是调用不了，看版本。####Q仍然报错，说trim_galore安装不上。

2023-11-29 17:00:23 2530 4

原创【一次性看懂fastqc和multiqc的运行代码】输出成功的结果判定、常见报错大赏

输出（output）文件夹fastqc/不存在，需提前mdkir建立/服务器后端手动建立一个RNAseq目录下的文件夹fastqc，用于存放输出数据入。/home/data/t210451/RNAseq，重新执行multiqc fastqc/ -o multiqc -n zk，就成功了~~~~#fastqc是multiqc的输入文件夹，mlltiqc是输出文件夹，需新建，也是建在RNAseq目录下；#fastq.gz不存在，因为实际你的原始数据的后缀不是这个，把代码改成实际的后缀。为指定输出文件前缀名。

2023-11-28 15:56:32 1677

原创【linux】如何修改创建虚拟环境的默认保存位置/改错了如何恢复默认base的位置

假如：/home/data/t210451/RNAseq/condarc #改动之后的默认路径，我想要改回去（/home/data/t210451/enter）#找到.condarc的位置，/home/data/t210451是pwd调出来的当前根目录，但仍然不知道.condarc的完整位置。#需要在.condarc文件中用笔记本编辑器打开，更改envs_dirs下面的位置/home/data/t210451/enter。/home/data/t210451/enter #原始默认地方。

2023-11-26 22:55:46 1071 1

原创 [linux的RNA-seq公司数据上游处理]——搭建生信环境；熟悉linux系统操作；conda安装、配置及下载软件 /1

网上的资料所用代码，要么是独享服务器要么是数据库的原始文件，就是一开始没有完全适合公司数据上游处理的，直到我看帖子看到吐，也逐渐摸索出最快捷的流程和省时省力的路。#下载conda（conda的作用就像是电脑端的“软件商店”，之后可以在这里相对快速的完成各种软件的下载，需要一次性配置相关的“搜索频道”，这里的网址就是国外的镜像，因为conda官方的很慢）Xshell是一款强大的安全终端模拟软件，可以用在Windows界面下访问远端不同系统下的服务器，从而比较好的达到远程控制终端的目的。

2023-11-23 22:23:34 1431

weixin_56701701的博客