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RSS订阅原创 解决问题，No module named ‘util
安装pip install python_utilspip install opencv-python
2021-07-22 13:52:47
13141
原创 根据样本名批量移动测序文件
得到的测序文件格式为ZTPSN20AP386-5_39_39D_R1.fq.gzZTPSN20AP386-5_39_39D_R1.fq.gz样本名为5_39_39D如何根据样本名批量移动测序文件for i in `cat 1.txt|cut -f 1`;do ls *gz |grep ${i}_ >>2.txt; don`1.txt 为取到的测序文件的子集，2.txt是对应的测序文件名对2.txt中的文件进行操作就可以了...
2021-07-20 15:29:05
187
原创 picrust2 Stopping - all 545 input sequences aligned poorly to reference sequences
在用picrust2做功能预测是时出现Stopping - all 545 input sequences aligned poorly to reference sequences (--min_align option specified a minimum proportion of 0.8 aligning to reference sequences).需要对otu.fa取反向再进行分析seqtk seq -r otus.fa >otus_rc.fa...
2021-01-27 10:14:24
808
1
原创 更新gcc之后无法使用新版gcc和g++
cmake3 ./-- The C compiler identification is unknown-- The CXX compiler identification is GNU 4.4.7-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc-- Check for working C compiler: /usr/bin/cc -- brokenCMake Error at /usr/share/cmake/Modules/CMakeTestCComp
2021-01-20 09:03:21
673
原创 Centos7.7重装yum和python
版本Cnetos7.7 重装python和yum使用yum时发现没有这个模块按照网上教程 查看whereis python 看一看都有哪些python，发现我没有了centos自带python2.6，这也就是说不能通过修改vi /user/bin/yum修改成python2.6来拯救我的yum。于是准备重装python和yum看网上大部在http://mirrors.163.com/centos/7/os/x86_64/Packages/下载文件，但我发现对应的7.7版已经已经不存在，所以我到了官网
2021-01-19 10:13:26
551
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原创 EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environm
miniconda 在环境中安装软件显示错误EnvironmentNotWritableError: The current user does not have write permissions to the target environm我的这个环境是copy别人的，在激活这个环境后安装软件，显示没有权限网上查了一下，解决办法很多，找到了一个对我有用的我的系统 centos16.04 对于Ubuntu 16.04 18.04 同样适用sudo chown -R $USER:$USER ana
2020-12-04 16:00:58
1530
原创 humann2 Can not call software version for metaphlan2.py
#运行humann2时报错Can not call software version for metaphlan2.pyhumann2 v2.8.1MetaPhlAn version 2.7.5我猜原因是humann2版本和metaphlan2不匹配所以更新metphlan2conda install -c bioconda metaphlan2=2.7完美解决！
2020-11-07 10:26:14
774
原创 linux安装biom
#biom安装要求python2 pip2sudo pip install -Iv https://pypi.python.org/packages/source/b/biom-format/biom-format-1.3.0.tar.gz#md5=bd35f9b7e1c7daf244fe2dffb2777606
2020-04-16 13:44:02
645
原创 传输fastq文件过程中注意事项
从本地上传fastq数据注意事项，在上传文件时有可能出现上传不完整可以使用MD5值来查看。md5sum *.fa.gz | tee > md5.txt会得到所有fastq文件的md5值当上传文件后用这个值检验fastq文件是否上传完整md5sum -c md5.txt这样看到是否完整。...
2019-12-07 10:35:13
615
原创 rename 批量修改fastq
example：Bacterial_A1_1.fqBacterial_A6_1.fqBacterial_A1_2.fqBacterial_A6_2.fq现在想把上面文件改成 ：A1_1.fqA6_1.fqA1_2.fqA6_2.fqrename Bacterial_A A Bacterial_A*rename **替换掉的** **用什么代替** **提换的文件**这样...
2019-11-06 14:16:04
765
原创 sudo pip3/pip:未找到命令...
原因是pip3命令不是命令链接解决办法： sudo ln -s /usr/local/bin/pip3 /usr/bin/pip3
2019-10-30 10:32:35
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3
原创 Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub: HTTP error 401. Bad credentials
解决Error: Failed to install ‘unknown package’ from GitHub: HTTP error 401. Bad credentials 问题我下载github上的R时有时会出现上述情况。由于认证问题出现绝句访问，无法下载的情况解决办法usethis::browse_github_pat()这时候会打开一个网页在里面自定义一个，例如 R.G...
2019-10-27 18:04:33
18696
9
原创 vsearch的下载
下载安装wget https://github.com/torognes/vsearch/archive/v2.14.1.tar.gztar xzf v2.14.1.tar.gzcd vsearch-2.14.1./autogen.sh./configuremakemake install # as root or sudo make install
2019-10-22 23:03:45
2863
2
原创 一次性解决：TypeError: initialize() got an unexpected keyword argument 'make_current'
一次性解决：TypeError: initialize() got an unexpected keyword argument 'make_current'
2019-10-09 19:29:37
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原创 python机器学习基础（二）
接上一篇：python机器学习基础教程（一）一，构建第一个模型：K近邻算法scikit-learn中有很多可用的分类算法。这里我们用的是K近邻分类器，这是一个很容易理解的算法。核心思想是：要对一个新的数据点作出预测，算法会在训练集中寻找与这个新数据点距离最近的数据点，然后将找到的数据点的标签赋值给这个新数据点。
2019-10-03 15:34:17
262
原创 解决python2 ImportError: cannot import name compat
导入pandas包时出现ImportError: cannot import name compat 问题降级pandas解决问题。
2019-09-29 09:14:50
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2
原创 jupyter notebook中加入python3
jupyter notebook中只有python2没有python3怎么办？要想加入jupyter notebook必须you内核 ！！！查看jupyter notebook kernel：jupyter kernelspec list删除notebook kernel：jupyter kernelspec remove kernelname确保python3环境下安装了ip...
2019-09-27 11:47:14
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原创 python实现fastq文件GC含量的计算
python实现fastq文件GC含量的计算fastq格式是生物信息分析中最常见的格式之一通常我们可以将测序的数据分为双端测序和单端测序双端测序的数据含有两个fastq格式的文件，单端测序的数据只有一个fastq格式的文件第一行是用来区分不同reads的一个ID号，一般以@符号开头，这一行是用来区分不同的reads，而这一行本身包含了很多的信息。Read Record HeaderF...
2019-09-27 09:30:57
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1
原创 宏基因组：MEGAHIT组装拼接及quast评估
Megahit组装软件很多下面介绍三款组装软件：MEGAHIT下载地址https://github.com/voutcn/megahitgit clone https://github.com/voutcn/megahit.gitcd megahitmake其他两款组装软件下载地址SOAPdenovo下载地址http://sourceforge.net/projects/so...
2019-09-26 16:00:50
2645
2
原创 bam/sam文件
Sam文件SAM file format wiki :Sequence Alignment Map (SAM) is a text-based format originally for storing biological sequences aligned to a reference sequence developed by Heng Li and Bob Handsaker et ...
2019-09-25 16:26:57
948
原创 生物信息中linux常用的命令（二）文件解压与压缩
解压各种压缩文件tar解包和打包文件tar xvf fileName.tartar cvf filename.tar DIrnamegz解压和压缩文件tar.gz和tgz的解压和压缩gunzip filename.gz gzip filename tar zxvf filename.tar.gz #解压tar zcvf filename.tar.gz Dirname #...
2019-08-17 15:57:27
366
原创 docker安装Lefse和分析流程
linux通过docker 安装 lefse默认你已经安装好docker！下载lefse镜像文件docker run -it biobakery/lefse bash启动docker的lefse镜像，并且把主机文件夹挂载到镜像，这样可以在镜像中看到主机中的文件夹，下面是吧主机中的Data文件夹挂在到镜像（shared文件夹需要自己建），更改 Data权限 shared 权限也会改变...
2019-08-16 19:47:20
2081
3
原创 jupyter notebook 配置没问题却连接不上服务器
标题jupyter notebook 配置没问题但却连不上服务器这种情况很可能是防火墙开启了查看防火墙状态firewall-cmd --state停止firewallsystemctl stop firewalld.service禁止firewall开机启动systemctl disable firewalld.service ...
2019-08-09 09:59:10
9310
原创 tophat2安装和问题的解决
在安装tophat2安装简单但会碰到小问题，tophat2安装wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz解压tar -zxvf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz加入PATHexport PATH=/home/ZQK/tophat-2...
2019-08-08 10:06:04
3135
原创 conda 安装软件 ERROR conda.core.link:_execute(502) UnicodeDecodeError ..ordinal not in range(128)
最近在用conda安装r时出现题目中的问题，首先不推荐用conda安装R，之所我用conda安装是在做转录组分析安装软件需要conda安装自己的R，大概是这个意思。google了一遍，初步断定为路径中的中文字符问题。先看一下路径：export声明一下：上面路径中的中文字符我已经删除了我找到中文字符在PATH中：我直接sudo vim /etc/profile把...
2019-01-02 23:20:23
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原创 远程链接服务器
由于mac系统基于unix系统，所以链接linux系统很方便，直接打开终端，便可连接不需要下载额外软件。mac链接服务器打开终端ssh 用户名@172.16.138.86回车输入对应密码即可，这里的用户名可以是root也可以是你自己的账号名...
2018-11-25 16:27:05
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原创 hg19的下载与索引
hg19的下载nohup wget url=http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &hg19的解压tar -zvfx chromFa.tar.gz对解压后的.fa文件进行合并cat *.fa > hg19.fa对hg19文件进行索引...
2018-11-25 16:19:33
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原创 python 实现otu表水平转化
import xlrdimport xlwtimport xlsxwriteri=0 j=1 p=0 k=0 numi=0 numj=0worksheet = xlrd.open_workbook(‘/media/sf_Myshared/cdi_schubert.otu_table.100.denovo.xlsx’)workbook= xlrd.open_wo...
2018-08-24 17:36:30
870
空空如也
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