vsearch的下载

最新推荐文章于 2024-11-08 10:55:25 发布
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分类专栏： linux 文章标签： vsearch 16s
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版权

下载安装

wget https://github.com/torognes/vsearch/archive/v2.14.1.tar.gz
tar xzf v2.14.1.tar.gz
cd vsearch-2.14.1
./autogen.sh
./configure
make
make install  # as root or sudo make install
SpringBoot学习之ElasticSearch下载安装和启动（Windows版）（三十）
徐泗空的博客
03-25 1128
本文先写windows下的下载安装和启动，后续有时间再补充docker版本下的，毕竟docker现在用的公司和个人太多了，这里我们后续对ElasticSearch简称为ES，不做赘叙。
QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
07-14 8万+
QIIME2 https://qiime2.org/简介QIIME2是微生物组分析软件QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版)，全部python3全新编写，并于明年全面接替QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)。优点 更易于安装：QIIME1的安装让无数生信人竞折腰，现在官方发布了docker，下载即可运行； 使用方法多样：支持命令
vsearch:用于微生物组分析的多功能开源工具
04-28
VSEARCH 介绍 该项目的目的是创建由Robert C. Edgar（2010）开发的工具的替代方案。 新工具应： 具有适当的开源许可证的开源代码 免费，免费 采用64位设计，可以处理非常大的数据库和超过4GB的内存 与usearch一样准确或更准确 比usearch快或快 我们已经实现了一个称为VSEARCH的工具，该工具支持基于从头和参考的嵌合体检测，聚类，全长和前缀去重复，重复复制，反向互补，掩蔽，全对全成对全局比对，精确和全局比对搜索，混排，二次抽样和排序。 它还支持FASTQ文件分析，过滤，转换和合并成对的末端读取。 VSEARCH代表矢量化搜索，因为该工具利用SIMD矢量化形式的并行性以及多个线程来高速执行精确对齐。 与默认情况下使用启发式种子和扩展对齐器的USEARCH相比，VSEARCH使用了最佳的全局对齐器（完全动态编程Needleman-Wunsch）。 这通常
Vsearch安装
m0_53945548的博客
01-15 1002
【代码】Vsearch安装。
使用vsearch进行16s扩增子高通量序列分析步骤
zrc_xiaoguo的博客
10-08 1220
VSEARCH是一个开源免费的64位，无内存限制的扩增子数据处理分析软件。（点到为止，其他的建议大家参考原文献和网站)最新文献：Edgar RC (2016)bioRxiv。
vSearch-开源
07-27
vSearch 是一个内部搜索引擎，可部署在任何面向 SQL 的站点上。 它可以缩放以匹配任何规模的站点，该站点具有易于更新的 cron 脚本，并适用于关键字密度、权重、匹配和短语匹配。
vsearch-1.0.tar_nuts1x4_foreign8x8_centerq3i_vsearch_yesterday2u
09-30
搜索特定文字，可以帮助我们快速的找到我们想要寻找的字符。
Elasticsearch下载安装
热门推荐
yjclsx的博客
07-31 12万+
注：Elasticsearch 需要 Java 8 环境，在安装Elasticsearch之前先安装好JDK。 1、Windows版 1.1、下载 访问官网的下载地址：https://www.elastic.co/downloads/elasticsearch，windows版的下载ZIP格式的。 如果不想下载最新版的，可以点击“past releases”选择过去的版本。我这里下载的是6...
elasticsearch下载太慢在国内, 我把包放到了云盘上,还有kibana.有需要自取,持续更新版本
01-07
国内下载elasticsearch哪叫一个慢, 为了方便大家学习, 博主将下载好的包放到云盘. 官网下载地址:https://www.elastic.co/cn/downloads/elasticsearch 要验证包的完整性可以计算文件哈希值(官网有提供sha512的值, ...
elasticsearch-8.15.1下载
09-22
Elasticsearch是一款基于Apache Lucene构建的开源搜索引擎。它提供了一个分布式、多用户的搜索服务器，通过简单的RESTful API来隐藏Lucene的复杂性，从而让全文搜索变得简单。Elasticsearch可以使用多种语言进行交互...
elasticsearch下载配置及案例&项目源码
07-01
elasticsearch下载配置及案例&项目源码
推荐神器：VSEARCH —— 开源的序列比对与处理新选择
gitblog_00055的博客
05-19 904
推荐神器：VSEARCH —— 开源的序列比对与处理新选择 vsearch Versatile open-source tool for microbiome analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vs/vse...
VSEARCH操作实战-免费使用无内存限制的USEARCH！
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-09 3784
前言前面宏基因组公众号号推送过关于USEARCH的介绍及使用，详情见文章：扩增子分析神器USEARCH简介。USEARCH软件在扩增子测序分析上堪称神器！该软件依靠大神Robert Ed...
VSEARCH：高效、开源的生物信息学工具
gitblog_00246的博客
10-10 927
VSEARCH：高效、开源的生物信息学工具 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/vs/vsearch 项目介绍 VSEARCH 是一个开源的生物信息学工具，旨在提供一个替代 USEARCH 的解决方案。VSEARCH 不仅完全开源，而且免费使用，支持 64 位架构，能够处理超大规模的数据库和超过 4GB 的内存。VSEARCH 的设计目标是比 USEARCH 更...
VSEARCH：多功能开源微生物组分析工具
gitblog_00913的博客
11-08 368
VSEARCH：多功能开源微生物组分析工具 vsearch Versatile open-source tool for microbiome analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirro...
【生信】使用VSEARCH处理双端测序数据
小哲的博客
03-01 6997
使用VSEARCH处理双端测序数据 一般情况下，我们从ENA获取的数据为双端测序数据，而且已经去除了引入，那么如何从测序数据获得丰度数据呢？可以使用的软件有VSEARCH、USEARCH以及QIIME等。本文以VSEARCH为例，从输入双端测序序列到最终OTU表的生成。 #!/bin/bash ### 使用VSEARCH处理双端测序数据 ### 目标是得到OTU表和注释信息 ...
烂电脑也能利用vsearch+usearch注释物种和out_table, 摆脱qiime2.
h123t3的博客
01-21 1525
在Linux里解压，不用命令也可以解压，右键Extract Here然后把解压的换名，例如：usearch11.0.667_i86linux32换成usearch，这样是更方便使用，然后把解压的usearch 移动到/usr/bin，依然是右键然后Rename。用到的路径均是绝对路径，这也是我的一向风格。# otu去嵌合体: 去嵌合体有两种方法：一是基于参考数据库，一是基于无参考数据库的 denovo 方法。1、批量序列合并和重命名，本命令是遍历所有你的前端和后端fq文件，相信大家的不会只有一个fq文件。
vsearch2.8.1使用和命令简介——中文帮助文档(免费64位版usearch)
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
08-06 1万+
简介 主要功能和命令行格式 嵌合体检测 聚类 去冗余 序列操作 屏蔽序列 两两比对 搜索 重排与排序 抽样 物种分类 处理UDB数据库索引 描述 输入 参数 通用参数 嵌合体检测参数 聚类参数 序列去冗余 屏蔽序列选项 成对比对选项 搜索选项 洗牌参数 排序参数 抽样参数 P29 物种分类 索引格式UDB P31 刻意改变 使用示例 引文 猜你喜欢 写在后面 简介...
扩增子分析流程 —— 数据处理（vsearch）
卢严砖的博客
06-01 1万+
在扩增子分析流程中，使用vsearch工具进行前期数据处理的方法
ElasticSearch下载
最新发布
12-06
ElasticSearch是一个基于Lucene的开源搜索和分析引擎，广泛应用于日志分析、全文搜索、实时数据分析和地理信息系统等领域。下载ElasticSearch可以通过以下步骤完成： 1. **访问官方网站**：打开浏览器，访问ElasticSearch的官方网站（https://www.elastic.co/cn/downloads/elasticsearch）。 2. **选择版本**：在下载页面，选择适合你操作系统的版本。ElasticSearch支持Windows、macOS和Linux等多种操作系统。 3. **下载安装包**：点击下载按钮，等待下载完成。下载完成后，你会得到一个压缩包文件。 4. **解压安装包**：将下载的压缩包解压到你希望安装的目录中。解压后，你会看到一个包含ElasticSearch可执行文件的目录。 5. **配置环境变量**：为了方便在命令行中运行ElasticSearch，可以将解压后的目录路径添加到系统的环境变量中。 6. **启动ElasticSearch**：进入解压后的目录，找到`bin`文件夹，双击`elasticsearch`（Windows）或在终端中运行`./elasticsearch`（macOS/Linux）启动ElasticSearch。 7. **验证安装**：启动成功后，打开浏览器，访问`http://localhost:9200`，如果看到ElasticSearch的版本信息和集群健康状态，说明安装成功。
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