2025.06.27【微生物】|PlasFlow安装全流程详解（含依赖版本与环境配置）

PlasFlow安装全流程详解（含依赖版本与环境配置）

PlasFlow 是一款基于深度学习的质粒识别工具，广泛应用于宏基因组和微生物组装数据中质粒与染色体序列的自动分类。由于 PlasFlow 依赖较老的 Python 及深度学习库，很多用户在安装时会遇到“依赖地狱”问题。本文将详细梳理 PlasFlow 的安装要求、依赖包版本，并给出完整的环境配置和安装流程，帮助你顺利运行 PlasFlow。

一、PlasFlow安装环境要求

• 操作系统：Linux（推荐），Windows 10 WSL/虚拟机亦可
• Python版本：必须为 Python 3.5（高于3.5会因依赖不兼容报错）
• 依赖库：
  • keras==2.0.8
  • tensorflow==1.2.1
  • h5py==2.7.0
  • numpy==1.13.1
  • protobuf==3.6.1

注意：新版本的 protobuf、keras、tensorflow 等均不兼容 PlasFlow，务必锁定上述版本！

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二、conda环境配置

1. 创建 Python 3.5 环境

conda create -n plasflow_env python