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RSS订阅原创 Roary的安装与使用
github链接:https://github.com/sanger-pathogens/RoaryRoary教程链接：http://sanger-pathogens.github.io/Roary/比较快速的分析范基因组的工具，输入格式为gff格式，通常与prokka一起使用我比较喜欢用conda安装，主要比较方便GitHub上给的conda下载下载很慢 总是失败 用这个命令下载成功注：用conda的时候记得linux里用conda环境roary通常与prokka联合使用roary的输入个格式
2023-06-14 21:32:37
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原创 Prokka的安装与使用
快速核基因组注释2、ProKKa的安装在本人的使用中，有两种安装方法好用1、用conda安装2、用docker进行安装docker需要linux系统中安装，然后使用，比conda好用3、软件的使用参数General:Setup:Outputs:输出文件Extension描述.gff.gbk.fna.faa.ffn.sqn.fsa.tbl.err.log.txt.tsv。
2023-06-04 09:01:19
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原创 fastANI的安装与使用
FastANI专为全基因组平均核苷酸身份（ANI）的快速无比对计算而开发。ANI被定义为两个微生物基因组之间共享的直系同源基因对的平均核苷酸身份。FastANI支持完整基因组组装体和草图基因组组装体的成对比较。其基本过程遵循与。
2023-06-03 23:31:48
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原创 conda与fastANI
FastANI支持两个基因组之间计算的倒数映射的可视化。如上所述，获取此可视化需要使用 FastANI 进行一对一比较，但应提供其他标志。此标志强制 FastANI 输出一个映射文件（带扩展名），其中包含所有倒数映射的信息。最后，存储库中提供了一个 R 脚本，该。在这里，我们展示了使用两个基因组的示例运行：五日巴尔通体（基因组的总共1608个序列片段中，有1303个被排列为直系同源匹配。基因组之间的ANI估计值为97.7507。输出保存在文件中，上面使用该选项提供。直接创建一个python3.6的环境。
2023-05-21 11:32:41
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原创 日常学习中
序列序列就是个字符串s=abcdefghijklSi 代表序列s的第i个字符，比如s4=ds' =abcde 序列s' 是序列s的子序列蛋白质序列：由20个不同的字母（氨基酸）排列组合组成核酸序列：由四个不同的字母（碱基）排列组合而成（DNA序列、RNA序列）FASTA格式： 第一行：大于号加名称其他注释 第二行以后：每行60个字母（也有80的）相似的序列往往起源于一个共同的祖先序列，他们很可能有相似的空间结构和生物学功能一致度：如...
2022-05-09 20:12:26
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原创 【无标题】
生物数据库专用数据库 文献数据库PubMed三大核酸信息库NCB I（GenBank）美国ENA 欧洲DDBJ 日本数据库联盟 INSDC
2022-05-07 22:07:32
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空空如也
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